栉孔扇贝是我国最重要的海水养殖品种之一,其基因组研究日益受到关注。本课题针对栉孔扇贝的物理图谱构建及图谱整合进行了深入研究,建立了两个栉孔扇贝细菌人工染色体(BAC)文库,使用基因分析仪获得了81,408个BAC克隆的特异性酶切指纹,经过一系列组装,最终成功构建出栉孔扇贝高密度物理图谱;图谱上锚定有10,587个BAC末端序列和167个分子标记,其中27个标记同时存在于已有的遗传图谱上,初步实现了两个图谱的整合;另外有6个与免疫相关的功能基因被定位到该物理图谱上。同时建立了栉孔扇贝的BAC-FISH技术,在染色体上定位了18S rDNA、组蛋白序列、热休克蛋白70、丝氨酸蛋白酶和脂多糖葡聚糖结合蛋白等一系列免疫相关基因;在栉孔扇贝的BAC末端和免疫相关基因中开发了大量的SNP和微卫星标记;另外对30余个包含功能基因的BAC克隆进行了测序分析,了解了部分基因的结构和功能调控。这些工作为将来的基因组测序安装和功能基因研究提供了一个重要的平台,将会大大加速栉孔扇贝以及贝类的基因组、遗传学和育种研究。
英文主题词Chlamys farreri; genome; BAC library; physical map; map integration