哺乳动物和其它高等真核生物的基因组是由一系列G+C含量相当均匀的大片断(Isochore)组成。Isochore具有尖锐的边界。本项目是从人与其它高等真核生物全基因组序列出发,研究Isochore的结构及其生物学意义,特别探讨其与基因表达调控之间的关系。研究各种真核生物Isochore之间的共性与个性,以探索其规律性的东西。在以上研究的基础上,建立真核生物基因组Isochore数据库,免费供国内、
本项目致力于人与其它高等真核生物全基因组中Isochore结构的研究。"Isochore"一词尚未有统一的中文译名,暂时可译为"大片段G+C含量均匀区"。实验发现人与许多哺乳动物的基因组是由不同长度的Isochore组成,虽然相邻Isochore的G+C含量不同,但是其内部G+C含量却相当均匀。已经证实,这种结构形式与基因的分布、表达、重复序列、染色体的复制等许多生物学特性相关,因而成为人与哺乳动物基因组的基本组织形式。本项目的主要进展是提出一种崭新的基因组段落化算法,该算法可把任一基因组序列按组成不同自动划分成若干段落或区域,这是研究Isochore的一个强大的工具。新算法更简单可靠、运行速度快,尤其适用于大型基因组。此外,我们将其与Z曲线方法相结合,完成了网上的服务工具GC-Profile,其网址为http://tubic.tju.edu.cn。这是一个研究真核生物基因组Isochore结构的锐利工具.利用这一工具研究了人和鸡等生物基因组的Isochore结构,得到了有生物学意义的结果。