中文摘要：

以首次发现的自然界重组乙脑病毒株为研究对象，利用模拟实验来判定重组毒株在自然界繁殖扩增能力和重组基因的稳定性；在全基因组水平上开展重组乙脑毒株与无重组现象的毒株之间在遗传相似性和遗传距离分布的差异分析，发现乙脑病毒型间重组的特征；构建系统进化树和时间进化树，明确重组毒株独特的遗传进化地位，分析其对乙脑病毒进化的影响；分析核苷酸序列二级结构特征，建立自然界乙脑病毒重组热点区域的预测方法。通过与具有代表意义的我国分离的乙脑病毒参考毒株在致细胞病变特征、神经毒力和神经侵袭力特征、全基因组特异性氨基酸位点差异的综合比较分析，掌握自然界重组乙脑病毒株的致病性生物学和分子特征，在此基础上，开展我国现行乙脑疫苗对重组乙脑毒株的疫苗保护力实验分析。通过以上的研究为乙脑病毒重组进化模式提供新理论，为完善我国现行乙脑疫苗免疫策略提供理论基础。

结论摘要：

乙型脑炎（Japanese encephalitis，JE）是我国的严重的传染病之一，致死率高且后遗症严重。近年来我国乙脑报告病例人数逐年降低，但仍在每年5 000例左右。其病原体是流行性乙型脑炎（乙脑）病毒（Japanese encephalitis virus，JEV），属于黄病毒科（Flavividae）黄病毒属（Flavivirus）的单股正链RNA病毒。基因组约由11 000个核苷酸组成。包括5′非编码区、1个开放读码框（open reading frame，ORF），编码3 个结构蛋白、7 个非结构蛋白和3′非编码区，基因组顺序依次为5′-C-M-E-NS1-nS2a-nS2b-NS3-nS4a-nS4b-NS5-3′。基于乙型脑炎病毒全基因组水平开展分子重组变异、基因型别、分子溯源、分子变异的种群趋势的分析尚未见报的，因此整体掌握乙脑病毒分子特征是本项研究的重点。同时进一步加强我国自然界媒介及乙型脑炎病人中乙脑毒株的病原学及流行特性研究。在乙脑流行地区，选择不同地域、不同时间、不同宿主的98株乙脑病毒的全基因组序列进行了遗传进化分析。乙脑病毒全基因组共同进化祖先时间出现在距今1695年（HPD95%为548-3153年）。研究结果表明乙脑病毒全基因组共经历了四次种群分化事件，按照基因4型、基因3型、基因2型和基因1型的顺序先后衍化为独立的种系。其中基因1型乙脑病毒的TMRCA为193年，是四个乙脑病毒基因型别中独立分化年代最晚，最年轻的乙脑病毒种系。同时近30年来，基因1型病毒已经在乙脑流行区呈现迅速扩张趋势，并逐渐替代原有基因型别病毒（基因3型）而成为新的流行种群。通过蚊虫中乙脑病毒流行株分析，完成福建省基因1型乙脑病毒的基因组序列特征分析，发现2种基因型别乙型脑炎病毒（1、3）在上海市共同流行。乙脑病例中分析，发现福建省乙脑病毒的低检出率与其低发病率相一致，证实局部地区（山东省淄博市）存在成人乙脑流行情况，病原体以基因1型乙脑病毒为主。