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基因组“k字”频数普适关系的研究
  • ISSN号:1000-1638
  • 期刊名称:《内蒙古大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q61[生物学—生物物理学]
  • 作者机构:[1]内蒙古大学理工学院物理系,呼和浩特010021
  • 相关基金:国家自然基金项目(90103030)
中文摘要:

寻找物种基因组中k-mer频数分布的特征,对几个典型物种的基因组序列进行了统计分析.区分“字”域和“频数”域。运用两种求信息熵的方法——Shannon信息熵和Fisher信息熵,定义了五种k-mer频数的泛函.发现对于每一物种,由Shannon信息熵定义的四种泛函与k之间都具有很好的线性关系,并且这种线性关系在所研究的物种问具有普适性.

英文摘要:

To find the character of the distribution of k-mer frequency in genome, several genomes of typical species are statistically studied. Considering the difference between word domain and frequency domain, using Shannon information and Fisher information respectively, five types of functional of k-mer frequency are defined. The results showed good linear relation existing in each species for four functionals deduced from Shannon information. Moreover,these linear relations are basically universal among the studied species.

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期刊信息
  • 《内蒙古大学学报:自然科学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:内蒙古自治区教育厅
  • 主办单位:内蒙古大学
  • 主编:李光鹏
  • 地址:呼和浩特市赛罕区大学西路235号
  • 邮编:010021
  • 邮箱:
  • 电话:
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-1638
  • 国内统一刊号:ISSN:15-1052/N
  • 邮发代号:16-67
  • 获奖情况:
  • 综合性科技类核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:6683