位置:成果数据库 > 期刊 > 期刊详情页
细菌聚类新方法:ddT聚类技术分析香根草联合固氮菌多样性
  • ISSN号:0023-074X
  • 期刊名称:《科学通报》
  • 时间:0
  • 分类:Q811[生物学—生物工程]
  • 作者机构:[1]华南农业大学农学院,广东省植物分子育种重点实验室,广州510642, [2]华南农业大学资源环境学院,广州510642
  • 相关基金:国家自然科学基金(批准号:30470002 30770001); 教育部新世纪优秀人才支持项目(批准号:NCET-07-0315); 广东省番禺区科技攻关项目基金资助
中文摘要:

利用高分辨率的聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,采用新型遗传分析仪Li-COR 4300L,结合测序的双脱氧链终止法原理,建立了基于16S rDNA序列T碱基分布特征的一种新的细菌多样性聚类技术——ddT聚类技术.应用该新的ddT聚类技术对分离自香根草的47株联合固氮菌多样性进行了聚类分析,获得了6个不同的主要类群,表明香根草联合固氮菌具有较大的遗传资源多样性.应用SDS-PAGE全细胞蛋白质电泳和DNA指纹图谱方法对该聚类结果进行验证,结果表明,该新聚类技术可以应用于细菌的多样性聚类分析.16SrDNA序列测定和系统发育分析表明,供试的联合固氮菌分别与γ-变形杆菌纲(γ-proteobacteria)的阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae),Enterobacter ludwigii,Pantoeaan anatis,恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida),荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)和β-变形杆菌(β-proteobacteria)的中型假食酸菌(Pseudaci-dovorax intermedius),Mitsuaria chitosanitabida,越南伯克氏菌(Burkholderia vietnamiensis),佛莱辛草螺菌(Herbaspirillum frisingense)亲缘关系相近,其中肠杆菌属、伯克氏菌属和泛菌属是香根草联合固氮菌的优势类群,分别占分离菌株总数的45%,19%和13%,它们一起构成了分离菌株总数的77%.

英文摘要:

A novel grouping method (ddT clustering) based on the T base diversity of 16S rDNA sequence of bacteria is presented by application of the high resolution of polyacrylamide gel electrophoresis and the genetic analysis system Li-COR 4300L.The novel ddT clustering method was used to group the 48 associated nitrogen-fixing bacteria isolated from Vetiveria zizanioides.Six different groups (group I to VI),which showed the diversity of associated nitrogen-fixing bacteria isolated from the Vetiveria zizanioides,were obtained.The clustering methods of SDS-PAGE whole-cell protein patterns and DNA finger-printing patterns were also applied to verify ddT clustering results.16S rDNA sequences analysis indicated that the isolates mainly distributed in γ-proteobacteria (including Enterobacter cloacae,Enterobacter ludwigii,Pantoea ananatis,Pseudomonas putida,Pseudomonas fluorescens),and β-proteobacteria members (Pseudacidovorax intermedius,Mitsuaria chitosanitabida,Burkholderia vietnamiensis,Herbaspirillum frisingense).The predominant bacterial community in Vetiveria zizanioides are Enterobacter sp.,Burkholderia sp.and Pantoea sp.,which occupied 45%,19% and 13% of the total isolates respectively.

同期刊论文项目
期刊论文 17 会议论文 11 获奖 2
同项目期刊论文
期刊信息
  • 《科学通报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院
  • 主编:周光召
  • 地址:北京东黄城根北街16号
  • 邮编:100717
  • 邮箱:csb@scichina.org
  • 电话:010-64036120 64012686
  • 国际标准刊号:ISSN:0023-074X
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1784/N
  • 邮发代号:80-213
  • 获奖情况:
  • 首届国家期刊奖,中国期刊方阵“双高”期刊,第三届中国出版政府奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),美国工程索引,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:81792