人类肠道病毒71型(EV71)是引起手足口病的主要病原体,常导致严重的神经系统综合征.近年来病毒多爆发于亚太地区的热带区域.为研究人类肠道病毒的进化历程以及遗传变异性,搜集了全球在1970~2004年间分离的532株病毒的序列信息,这些信息包含了完整或接近完整的VP1区核苷酸序列(891bp).经过系统发生学分析以及遗传距离的比较,发现绝大多数病毒株属于基因型B或C.同时也观察到一种特殊的不属于任何现有分型的毒株R13223-IND-01,可能代表了一种新的基因型.在B型和C型病毒中,存在着一些区别于同型其他亚型毒株的“孤儿株”,它们的出现在病毒进化分析中有重要的意义.此外,VP1片段上有6个散在位点的氨基酸存在共变异的现象,分析发现这种高比例的共变异与病毒亚型有着紧密的联系.