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总状毛霉(Mucor racemosus)甲壳素脱乙酰酶全长cDNA的克隆及序列分析
  • ISSN号:1674-7968
  • 期刊名称:《农业生物技术学报》
  • 时间:0
  • 分类:S188[农业科学—农业基础科学]
  • 作者机构:[1]上海水产大学食品学院,上海200090, [2]上海水产大学农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室,上海200090
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(No.30500382)、上海市科技启明星资助项目(No.05QMX1446)和上海市重点学科建设项目(No.Y1101)资助.
中文摘要:

用保守的特异引物进行PCR扩增,结合RACE技术,分离和克隆到了总状毛霉(Mucor racemosus)壳素脱乙酰酶(CDA)的全长cDNA,并进行了全序列测定,提交GenBank登陆号DQ538514。研究结果表明:(1)总状毛霉CDA基因全长为1506bp,包括67bp 5'非翻译区,1344bp阅读框以及95bp 3’非翻译区,3’非翻译区包含Poly(A)加尾信号AATAAA。总状毛霉的CDA基因共编码448个氨基酸,在该基因中部还包含一个144氨基酸的多糖脱乙酰酶结构域,约占CDA基因全长的32%。(2)总状毛霉CDA基因与其它相近种米根霉(Rhizopus oryzae)、卷柄根霉(Rhizopus circinans)的CDA1和CDA2、鲁氏毛霉(Mucor rouxii)、卵形孢球托霉(Gongronella butleri)、匍枝根霉(Rhizopus stolonifer)、布拉克须霉(Phycomyces blakesleeanus)和酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)的CDA1和CDA2的基因序列同源性分别为:75%、58%、56%、56%、48%、39%、39%、17%和16%;相应的氨基酸序列的同源性分别为:69%、57%、59%、55%、47%、30%、32%、18%和21%。表明CDA基因在不同的真菌中有着不同的亲缘关系。(3)根据总状毛霉CDA基因的氨基酸序列构建的不同真菌的系统树,与采用经典分类法构建的系统树基本一致。(4)通过生物信息学的方法,预测该基因所编码的蛋白质三级结构,验证了该蛋白质具有甲壳素脱乙酰酶完整的功能性结构,并包含一个多糖脱乙酰酶结构域,两者具有相似的空间结构。

英文摘要:

A complete chitin deacetylase (CDA) cDNA from Mucor racemonus was cloned and sequenced by RT-PCR and RACE with special conserved primers. The cDNA sequence was submitted to GenBank (DQ538514). The results showed: (1) The complete cDNA was with length of 1 506 bp containing 67 bp 5'-untranslated region, an open reading frame of 1 344 bp and 95 bp 3'-untranslated region including tailing site AATAAA. The gene encoded a sequence of 448 amino acid residues and consisted of core nucleotides encoding a polysaccharide deacetylase domain which covered 32% of the entire sequence. (2) The CDA gene shared different sequence homology with those of fungi including Rhizopus oryzae (75%), CDA1(58%) and CDA2(56%) of Rhizopus circinans, Mucor rouxii(56%), Gongreonella bulteri(48%), Rhizopus stolonifer(39%), Phycomyces blakesleeanus(39%), CDA1(17%) and CDA2(16%) of Saccharomyces cerevisiae. The corresponding homology of the deduced amino acid sequences was 69%, 57%, 59%, 55%, 47%, 30%, 32%, 18% and 21%, respectively. (3) Phylogenetic analysis according to the deduced amino acid sequences was matched with the classical taxonomic classification of the fungi. (4) The 3-D-structure of this protein was predicted The protein had a whole CDA functional domain and a polysaccharide deacetylase domain.

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期刊信息
  • 《农业生物技术学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:中国农业大学
  • 主编:武维华
  • 地址:北京市海淀区圆明园西路2号中国农大生命科学楼1053
  • 邮编:100193
  • 邮箱:nsjxb@cau.edu.cn
  • 电话:010-62733684 62731615
  • 国际标准刊号:ISSN:1674-7968
  • 国内统一刊号:ISSN:11-3342/S
  • 邮发代号:2-367
  • 获奖情况:
  • 在《中国学术期刊评价研究报告》(2009-2010年)...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国乌利希期刊指南,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:15081