高新技术开发区在我国各地的经济发展中发挥了核心引领作用。通过以我国56个高新技术开发区2008年和2009年的数据,利用普通DEA模型和超效率DEA模型,对高新区的技术创新效率进行相对有效性评价,并对非有效的高新区给出了示范高新区,利用目标设定方法,给出了非有效高新区要达到技术有效的指标目标值。研究的结论是我国高新区的创新效率普遍偏低,三分之二以上开发区创新效率是非有效的,二分之一以上开发区创新效率是非常低的,创新资源结构不合理,浪费严重。特别是中部地区,创新效率平均仅为64.9%(即只有64.9%的投入资源发挥了效用),排在全国最后,创新投入严重不足且结构不合理,应该引起相关政府部门的高度重视。