对90个中国野生蘑菇属菌株(其中44株经同工酶初步鉴定为双孢蘑菇菌株)的总DNA进行SRAP和ISSR分析。获得了18条SRAP和12条ISSR标记条带并进行聚类分析,构建了亲缘关系树状图。结果显示这些菌株大体上可分为野生双孢蘑菇和野生蘑菇属其它菌株两大类群,其中来自川藏高原的41个野生双孢蘑菇按照采集地的不同聚为4个群,地域性差异比较明显;部分来自新疆、西藏的白色野生双孢蘑菇菌株新疆野生、AgX04和AgX042具有独特带型,与其它双孢蘑菇菌株的遗传相似值仅为10%-13%。