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铜绿假单胞菌LCT-PA220菌株全基因组序列测定与分析
  • ISSN号:2095-5227
  • 期刊名称:《解放军医学院学报》
  • 时间:0
  • 分类:R378[医药卫生—病原生物学;医药卫生—基础医学]
  • 作者机构:[1]解放军总医院南楼呼吸科,北京100853
  • 相关基金:国家“973”重点基础研究发展规划项目(2014CB744400);全军医学科研“十二五”课题重点项目(BWS12J046);武器预研重点基金(9140A26040312JB10078)
中文摘要:

目的全基因组测序和分析铜绿假单胞菌LCT—PA220菌株,研究空间因素对细菌全基因组的影响,为宇航员的保健奠定基础。方法通过革兰染色鉴定LCT—PA220属性,提取基因DNA、构建文库并上机测序;加工处理原始测序数据后进行基因组组装、注释和分析。结果铜绿假单胞菌LCT—PA220菌株革兰染色阴性,基因组为6.87M,包括5829个编码序列,平均长度为962bp,预测到为54个tRNA基因,COG数据库和KEGG数据库比对共注释到22组COG功能和32条KEGG信号通路。结论铜绿假单胞菌LCT—PA220菌株全基因组测序和基因组清楚,为后续对该菌株的研究打下了基础。

英文摘要:

Objective To study the influence of the spatial factor which is closely associated with spacemen's health, the whole genome sequence of Pseudomonas aeruginosa strain LCT-PA220. Methods The characteristic was identified by gram stain examination. Then genomic DNA was extracted from LCT-PA220 strain and the library was constructed and followed by sequencing. The raw date were filtered, assembled into genome, annotated and analyzed. Results The identify of LCT-PA220 strain was gram-negative bacteria whose genome was 6.87M containing 54 tRNA genes and 5 829 coding sequences with 962 bp average gene length. COG and KEGG annotation analysis revealed 22 COG functions and 32 KEGG pathways, respectively. Conclusion The whole genome of LCT-PA220 strain is sequenced and annotated well, which paves the way for further study of this strain.

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期刊信息
  • 《解放军医学院学报》
  • 北大核心期刊(2004版)
  • 主管单位:解放军总医院解放军医学院
  • 主办单位:解放军总医院解放军医学院
  • 主编:陈香美
  • 地址:北京复兴路28号解放军总医院
  • 邮编:100853
  • 邮箱:301xuebao@plagh.com.cn
  • 电话:010-66936767
  • 国际标准刊号:ISSN:2095-5227
  • 国内统一刊号:ISSN:10-1117/R
  • 邮发代号:82-811
  • 获奖情况:
  • 获第二届全军优秀医学期刊奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版)
  • 被引量:2710