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家蚕LongSAGE文库鉴定及延长标签的改进GLGI方法
  • ISSN号:1671-8135
  • 期刊名称:中国生物工程杂志
  • 时间:0
  • 页码:68-74
  • 语言:中文
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]苏州大学现代丝绸国家工程实验室,苏州215123, [2]苏州大学基础医学与生物科学学院,苏州215123, [3]重庆三峡学院生物系,万州404000
  • 相关基金:国家自然科学基金(30771632)、国家科技支撑计划(2007BAD72801)、江苏省高校研究生创新计划(CX09B_027Z)、苏州大学重大应用研究培育项目(Q3034850)资助项目
  • 相关项目:基于ea4与sod基因互作的家蚕滞育生物钟分子调控机制研究
中文摘要:

结合标签的基因序列延伸(GLGI)是随着基因表达序列标签(SAGE)应运而生的一种鉴定新标签的技术。为了克服该技术操作繁琐、成本高的弊端,本文根据已经构建的家蚕限性茧色品种的2个LongSAGE文库,选择30个差异表达的标签(tag)进行GLGI延伸。尝试了几个简化,(1)用total RNA代替mRNA进行dsDNA的合成;(2)调整磁珠吸附DNA的顺序;(3)在PCR反应中用普通的DNA 聚合酶代替高保真酶(Pfu)。结果显示,30个标签有27个获得有效扩增,扩增序列真实包括了SAGE标签的17bp序列,3个标签的结果符合NCBI的家蚕数据库已有注释,13个未注释标签经过延长后得到了注释,11个标签序列为待确定的新基因序列。这种简化能够作为家蚕SAGE文库其他tag和新基因研究的有效简化操作体系。与传统的方法相比,本操作方法减少成本30%以上,缩短操作时间20%。

英文摘要:

Generation of Longer cDNA Fragments from SAGE tags for Gene Identification(GLGI)being as a new tag identification technique was brought about with the serial analysis of gene expression (SAGE). Its result is an EST in the cDNA isolated by the 3 'end and with a ployA tail. Their steps are complicated and the cost is relatively high. Based on the improvement details reported, some new improvement was conducted to aim directly at two LongSAGE libraries of silkworm constructed by our laboratory. 30 differentially expressed tags were selected to improve the GLGI method:(1) Total RNA was used to synthesis dsDNA instead of mRNA; (2) The order of beads adsorption of DNA was adjusted, so as to diminish loss of template and simplify process; (3) DNA ordinary polymerase in PCR reactions was used instead of the high-fidelity enzyme Pfu. Then sequence results were analyzed BLAST against Bombyx mori database on NCBI. Annotation result of 3 tags was conformity with known annotation, it provided a verification proof that improved test is reliable. There are also some tags without annotation, which can be taking as a foundation for further study of novel genes. A valuable reference system for other tags and novel genes research of SAGE library were tried to provide.

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期刊信息
  • 《中国生物工程杂志》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院文献情报中心 中国生物技术发展中心 中国生物工程学会
  • 主编:张树庸
  • 地址:北京市中关村北四环西路33号
  • 邮编:100080
  • 邮箱:biotech@mail.las.ac.cn
  • 电话:010-82624544 82626611-6631
  • 国际标准刊号:ISSN:1671-8135
  • 国内统一刊号:ISSN:11-4816/Q
  • 邮发代号:82-673
  • 获奖情况:
  • 1991年中国科学院科技进步三等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:12959