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基于改进标记传播算法的基因表达谱数据研究
  • ISSN号:1672-3600
  • 期刊名称:《商丘师范学院学报》
  • 时间:0
  • 分类:TP18[自动化与计算机技术—控制科学与工程;自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
  • 作者机构:[1]蚌埠学院计算机科学与技术系,安徽蚌埠233030
  • 相关基金:安徽省自然科学基金资助项目(No.11040606M151); 蚌埠学院自然科学基金资助项目(No.2014ZR26,No.2013ZR06)
中文摘要:

提出一种改进的标签传播算法,并将其应用于基因表达谱数据分析中.首先使用概率矩阵表示基因表达数据,将少量样本标记为已知,同时定义一个标记序列表示样本的类别属性;然后通过迭代公式更新标记序列,得到标记序列的收敛解,并证明了该收敛解的唯一性;最后采用正负标记的方式,根据标记序列各分量的符号差异实现数据类别的划分.经过癌症数据集实验的验证,证明了提出的方法可以快速有效地实现基因表达数据的聚类.

英文摘要:

In this paper,an improved label propagation algorithm was proposed and introduced into the analysis of gene expression profiles. First,the probability transition matrix was constructed with gene expression profiles.Meanwhile,the label sequence which indicates the class information was defined and several samples were marked as labeled data. Then,the label sequence was updated by an iterative formula and the convergence solution of the label sequence was obtained,which was proved to be the unique solution. Finally,the clustering problem was solved by using plus- minus label which was on the basis of the signs of the label sequence. Experiments on the cancer data demonstrate our method is feasible and effective.

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期刊信息
  • 《商丘师范学院学报》
  • 主管单位:河南省教育厅
  • 主办单位:商丘师范学院
  • 主编:司林胜
  • 地址:河南省商丘市平原路55号
  • 邮编:476000
  • 邮箱:sqsysr@126.com sqsyzr@126.com
  • 电话:0370-3126863
  • 国际标准刊号:ISSN:1672-3600
  • 国内统一刊号:ISSN:41-1303/Z
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),德国数学文摘,中国中国人文社科核心期刊,中国国家哲学社会科学学术期刊数据库
  • 被引量:5467