随着证素、微观辨证、病证结合等新的辨证手段的提出,使得中医辨证论治体系得以进一步完善。但是,面对全球化的背景,中医辨证论治体系实现现代化、走向世界,仍然是一个重大的挑战,究其根本原因在于'证'的生物学基础不清。因此,笔者通过详述系统生物学和'方证'关系在中医证本质研究中的意义,深入地探讨了中医证本质研究中亟需解决的问题。为了能够建立更为完善的辨证论治体系,最终提出证本质的研究应该:首先,遵循'方证'的中医原创思维,特别重视基础证和经典方的特殊研究地位;其次,坚持'病证结合'研究模式,强调病证结合的层次性、方证与方病效应时间的不一致性以及亚健康状态在病证结合模式下的特殊地位;再次,引入系统生物学的研究手段,尽可能地获得海量而有价值的数据。