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小鼠NPC细胞RFX1ChIP-Seq数据分析
  • ISSN号:1674-2974
  • 期刊名称:湖南大学学报(自然科学版)
  • 时间:2013.2.2
  • 页码:59-65
  • 分类:Q341[生物学—遗传学]
  • 作者机构:[1]湖南大学生物学院,湖南长沙410082, [2]军事医学科学院生物工程研究所,北京100072
  • 相关基金:国家863计划资助项目(20070349669);国家自然科学基金资助项目(30871374,31071119,31030026);国家重点基础研究发展计划资助项目(2009CB825602)
  • 相关项目:一种体外转座辅助的染色质相互作用研究的新策略
中文摘要:

利用NCBI数据库中小鼠Embryonic Stem Cells(ESC)与Neural Progenitor Cells(NPC)的基因芯片结果及NPC时期的RFX1ChIP—Seq数据,进行有关RFX1的分析,结果表明:RFXl结合位点富集在1,2,4,5,7,9,11染色体上,Y染色体上最少,其他染色体上比较均衡;在基因组中结合位点分布区域主要在基因的promoter区域,约有53.2%,其次是intergentic,占22.5%,body区域,占13.19/6,enhancer区域,占11.29/5.说明RFX1是以结合在基因的promoter区为主要形式对目的基因进行调控.同时在DAVID数据库中用生物信息学方法探索了RFX1靶基因的生物学功能分类.

英文摘要:

The datas of Neural Progenitor Cells chip and Embryonic Stem Cells ChlP-Seq from NCBI were analyzed to explore the function of RFX1. A comprehensive analysis showed that RFX1 binding sites spread across each chromosome. Most of them resided in chromosomes 1, 2, 4, 5, 7, 9 and 11, but the least in chromosome Y. And genome wide localization prediction showed that RFX1 binding sites ubiquitously and generally existed throughout the genome. 53.2% of these sequences were distributed in pro- moter, 22.5% in the intergentic, 13.1% in the body, and 11.2% in the enhancer in the mouse genome. In addition, the biological processes of RFX1 target genes were analyzed. The majority of the affected biological processes were mainly cellular and metabolic.

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期刊信息
  • 《湖南大学学报:自然科学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:湖南大学
  • 主编:易伟建
  • 地址:湖南长沙岳麓区麓山南路
  • 邮编:410082
  • 邮箱:qks@hun.edu.cn
  • 电话:0731-88822870
  • 国际标准刊号:ISSN:1674-2974
  • 国内统一刊号:ISSN:43-1061/N
  • 邮发代号:42-44
  • 获奖情况:
  • 第二届国家期刊奖百种重点科技期刊,中国期刊方阵“双百”期刊1997年第二届全国科技期...,2000年湖南省首届“十佳科技期刊”,2002年第二届国家期刊奖“重点期刊奖”
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:14344