沿海国主权扩张、沿海国管辖权扩张、国际海洋治理体系分权化从三个层面导致了航行自由与海洋资源开发的冲突。《联合国海洋法公约》试图通过海洋分区机制保障沿海国资源开发的权利与其他国家的海洋航行权,但是公约规定的权利边界的模糊性,权利优位性之争衍生的国家博弈,以及晚近新国际实践的出现,导致传统权利路径下的利益妥协无法从根本上解决海洋资源开发与航行自由之间的冲突。协调航行自由与海洋资源开发制度,需要通过构建权利约束机制协调沿海国主权扩张所引致的冲突,通过强化责任机制协调沿海国管辖权扩张所引致的冲突,并通过拓展国际组织的联系协调国际海洋治理体系的分权化。