2009年3月开始全球暴发了新型H1N1流感,这是继1918年、1977—1978年之后国际上第3次H1N1流感暴发,甲型H1N1流感病毒属于RNA病毒,极易发生基因变异,当变异较大时出现抗原漂移或抗原转变,不同患者来源的病毒株基因序列也具有差异性。本研究采用多病毒株序列比对发热方法对2009年甲型H1N1流感病毒HA区序列进行同源性分析,确定参照序列,有利于进行基因变异分析及检测,同时为引物设计提供合适模板,减少由于引物设计偏差而导致假阴性结果。