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基于基因簇判别的人类miRNA功能预测研究
  • ISSN号:1674-7666
  • 期刊名称:《中国细胞生物学学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q522[生物学—生物化学]
  • 作者机构:江南大学理学院,无锡214122
  • 相关基金:国家自然科学基金(批准号:11271163)和江苏省研究生科研创新计划项目(批准号:KYZZ16_0309)资助的课题
作者: 丁涛, 高洁
中文摘要:

随着新一代测序技术的不断发展,面对海量的序列数据,如果仅靠生物实验的方法来挖掘微RNA(microRNA,miRNA)的基因功能似乎不可能,因此,通过判别新miRNA家族归属来预测其相关生物学功能为实际生物实验的研究开辟新的思路。该文运用基因簇判别方法,基于原始家族信息,对未确定家族归属或新发现的miRNA进行判别,确定其基因家族。研究发现,同一家族的成熟体miRNA成员序列之间存在高度相似性,并且参与相同的调控通路或作用于相同的靶基因,具有相似的生物学功能。因此,通过基因簇判别预测新miRNA家族归属,对新miRNA的基因表达实验与验证具有十分重要的指导意义。

英文摘要:

Ding Tao, Gao Jie (School of Science, Jiangnan University, Wuxi 214122, China) With the development of new generation of sequencing technology, it seems impossible to find miRNA functions through biological experiment alone. So identifying the family for new miRNA and predicting its biological functions will provide a new method for experimental research. Based on the original family information, the unclassified or new miRNAs can be classified into a definited family with gene cluster discriminant analysis. The results show that there is a high degree of similarity among mature miRNAs in the same family. Considering that members in the same miRNA family participate in the same pathway or act on the same target genes, the same family miRNAs will have similar biological functions. Thus, the unclassified miRNA can be identified by gene cluster discrimination, which plays a vital role in experimentation and verification for new miRNA functions.

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期刊信息
  • 《中国细胞生物学学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:
  • 主办单位:中国细胞生物学学会 中国科学院上海生命科学研究院 生物化学与细胞生物学研究所
  • 主编:郭礼和
  • 地址:上海岳阳路319号31A楼303室
  • 邮编:200031
  • 邮箱:CJCB@SIBS.AC.CN
  • 电话:021-54920950 54922892
  • 国际标准刊号:ISSN:1674-7666
  • 国内统一刊号:ISSN:31-2035/Q
  • 邮发代号:4-296
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2011版)
  • 被引量:2456