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表达序列标签(EST)分析方法及在植物抗病研究中的应用
  • ISSN号:1000-6850
  • 期刊名称:《中国农学通报》
  • 时间:0
  • 分类:S188[农业科学—农业基础科学] S432[农业科学—植物病理学;农业科学—农业昆虫与害虫防治;农业科学—植物保护]
  • 作者机构:[1]中国农业科学院蔬菜花卉研究所,北京100081, [2]国家蔬菜工程技术研究中心,北京100097, [3]河北农业大学园艺学院,河北保定071001
  • 相关基金:国家自然科学基金项目“西瓜抗枯萎病基因精细定位与FOM-1候选基因的克隆”(30571276);北京市自然科学基金项目“葫芦科主要瓜类作物分子遗传图谱的整合与比较研究”(5062008)
中文摘要:

在国际最大公共数据库GenBank的dbEST数据库中收录了大量各种生物的ESTs,这些大量的EST序列对发现、克隆和定位新基因,构建遗传图谱,开发分子标记,研究基因差异表达、功能及基因间互作是非常有价值的资源。为了充分挖掘EST数据资源所蕴含的生物学信息,掌握系统的分析方法对其研究显得尤为重要。参照目前广泛运用的多种EST数据分析软件,系统地简述了EST的序列分析方法,主要包括EST的序列分析前处理、序列的聚类拼接以及注释、功能分类,指出应根据EST数据的特征来选择合适的序列分析软件,并阐释EST技术在植物抗病基因的发现、克隆和定位研究中的应用。

英文摘要:

A large number of all kinds' organisms EST are collected in dbEST. ESTs is applied in many fields, such as identification and discovery of new gene, electronic cloning, construction of genetic map, molecular marker, research of differential expression of gene, function and interaction of gene. In order to mine biological information of the huge EST data resources adequately, a systematic analysis method becomes very important. Consulting some widely-used analysis program of EST data, this review systematically introduced EST se- quence analysis methods, mainly including EST sequence pre-processing, and sequence clustering, sequence assembling and sequence annotation, aiming at making advice on EST sequence analysis. This review also elucidated how to use EST technology in plant resistance research.

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期刊信息
  • 《中国农学通报》
  • 北大核心期刊(2008版)
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国农学会
  • 主编:石元春
  • 地址:北京市朝阳区麦子店街22号中国农学期刊处
  • 邮编:100025
  • 邮箱:edit@agri.org.cn
  • 电话:010-59194480
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-6850
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1984/S
  • 邮发代号:2-772
  • 获奖情况:
  • 全国农业核心期刊,中国科协优秀学术期刊,全国农业学会优秀期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版)
  • 被引量:94571