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西瓜抗枯萎病相关EST-SSR的信息分析
  • ISSN号:1000-7091
  • 期刊名称:《华北农学报》
  • 时间:0
  • 分类:S651[农业科学—果树学;农业科学—园艺学] Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]甘肃农业大学农学院,甘肃兰州730070, [2]北京市农林科学院蔬菜研究中心,北京100097, [3]河北农业大学,河北保定071001
  • 相关基金:国家“863”计划(2006AA1021A8);“十一五”国家科技支撑计划(2006BAD01A7-6-02);国家自然科学基金(30570997;30571276);北京市自然科学基金(5062008);北京市科委项目(Z0708050150702)
中文摘要:

对西瓜枯萎病菌生理小种1诱导的抑制差减杂交cDNA文库测序获得的4 000条EST进行分析,经过前处理后拼接得到1 487条unigene序列,全长为759 kb。在其中978条unigene序列中共检索出2 136个EST-SSR,出现频率为53.4%。EST-SSR的平均分布距离和平均长度分别是1/0.36 kb、19.59 bp。EST-SSRs中的重复单元以二核苷酸和三核苷酸重复为主,二者在总EST-SSRs中的出现频率为98.08%。GA/TC和GAA/TTC是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的25.78%和12.97%。西瓜抗枯萎病相关EST资源的SSR信息分析为进一步建立西瓜EST-SSR标记和探索其在西瓜基因组学研究中的应用奠定了基础。

英文摘要:

Simple sequence repeats (SSRs) were investigated in the unigene sequences from suppression subtractive hybridization(SSH) cDNA library which constructed with watermelon root induced by Fusarium oxysporumf, sp. niveum race 1. A total of 1487 unigene sequences corresponding to 795 kb were searched, resulting in the identification of 2 136 SSRs. The estimated frequency of SSRs was approximtely 53.4%, and the overall average length of SSRs was 19.59 bp, the average distance of distribution were 1/0.36 kb. The di- and tri-nucleotide repeats appeared to be the most abundant SSRs, accounting for 98.08 % in all the EST-SSRs. The adentine rich repeats such as GA/TC and GAA/TYC were predominant in each type of SSRs (di-,tri-),accounting for 25.78% and 12.97% in di- and tri-nucleotide repeats respectively. These EST-SSRs information could be efficiently exploited for the development of gene-derived SSR markers.

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期刊信息
  • 《华北农学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:河北省农林科学院
  • 主办单位:山西省农业科学院 山西省农学会 河南省农业科学院 河南省农学会 天津市农业科学院 天津市农学会等
  • 主编:王海波
  • 地址:石家庄市和平西路598号
  • 邮编:050051
  • 邮箱:hbnxb@163.com
  • 电话:0311-87652166
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-7091
  • 国内统一刊号:ISSN:13-1101/S
  • 邮发代号:18-10
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,全国综合性农业核心期刊,中国科学引文数据库核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:32962