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一个新的mariner类转座子的鉴定
  • ISSN号:1006-687X
  • 期刊名称:应用与环境生物学报
  • 时间:0
  • 页码:541-544
  • 语言:中文
  • 分类:Q785[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]曲阜师范大学生命科学学院,曲阜273165
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(Nos.30770145 30771314); 山东省自然科学基金项目(No.Z2002D02); 曲阜师范大学科研基金项目(No.XJ0613)资助
  • 相关项目:稻属多倍体重复位点的基因表达差异研究
中文摘要:

根据mariner类转座子转座酶的保守区设计简并引物,以曲阜灰飞虱的基因组DNA为模板,通过PCR扩增、回收、克隆和测序,得到长为493bp的片段,命名为qfclone493,提交GenBank数据库,获得注册号为EU542024.将qfclone493与19种有代表性的mariner类转座子核苷酸序列进行系统学分析,结果表明qfclone493属于mauritiana亚族,与此亚族已知mariner类转座子的核苷酸序列同源性最高为74%,认为qfclone493是mauritiana亚族的一个新的mariner类转座子,命名为lsmar1.序列分析表明,lsmar1的最大ORF仅编码141个氨基酸,不能表达完整的转座酶;与隶属于同一亚族、且具有完全自主活性的mos1相比,lsmar1所编码的氨基酸序列在核定位信号(Nuclear location signal,NLS)和D,D(34)D关键部位发生突变,因此推测lsmar1可能不具有转座活性.图4参23

英文摘要:

Total DNA of Laodelphax striatellus was extracted, and one DNA fragment was amplified by the degeneracy primers designed from conserved regions of transposase of the mariner-like transposable elements. The sequencing results showed that the length of the obtained fragment was 493 bp. It was named qfclone493 and given the accession No. of EU542024 from the GenBank. Phylogeny analysis on nucleotide sequence was performed among qfclone493 and 19 species of mariner-like transposable elements downloaded from the GenBank. The results indicated that qfclone493 copy belonged to the mauritiana subfamily. The highest homology of nucleotide sequence between qfclone493 and the other known members of mauritiana subfamily was 74%. qfclone493 was considered to be a new member of transponson of the mauritiana subfamily and designated tentatively as lsmar1. The results of sequence analysis revealed that the largest ORF of lsmar1 encoded only 141 amino acids, and could not encode the intact transposase. In addition, compared with the amino acids encoded by the mos1, there were mutations on the key regions of nuclear localization signal (Nuclear location signal, NLS) and the motif of the D,D(34)D triad of the amino acids encoded by the lsmar1. Therefore, it can be conjectured that the lsmar1 is an inactive mariner-like transposable element. Fig4, Ref23

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期刊信息
  • 《应用与环境生物学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院成都生物研究所
  • 主编:吴宁
  • 地址:成都市人民南路4段9号
  • 邮编:610041
  • 邮箱:biojaeb@cib.ac.cn
  • 电话:028-82890917
  • 国际标准刊号:ISSN:1006-687X
  • 国内统一刊号:ISSN:51-1482/Q
  • 邮发代号:62-15
  • 获奖情况:
  • 中国农业期刊金犁奖学术类一等奖(2006),* 中国期刊方阵双效期刊(2002年),* 四川省第二届优秀期刊(2000年),* 四川省一级学术期刊(1998年)
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国生物科学数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:23016