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基于单粒观察值的胚乳性状QTL图的构建方法
  • ISSN号:0496-3490
  • 期刊名称:《作物学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q348[生物学—遗传学]
  • 作者机构:[1]扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室,江苏扬州225009
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(39900080、30270724和30370758).
中文摘要:

谷物胚乳性状是决定谷物品质的一类重要性状。由于胚乳是由雌性的两个极核和雄性的一个精核受精发育而形成的三倍体组织,因此胚乳性状的遗传基础要比通常的二倍体农艺性状复杂得多。本文根据三倍体胚乳性状的数量遗传模型,提出利用分布于染色体上的所有分子标记对胚乳性状数量基因座位(QTL)进行区间作图的极大似然估计方法。该方法以分离群体中各植株的分子标记基因型以及植株上若干粒种子胚乳性状的单粒观测值为数据模式进行QTL分析。由于该方法充分利用标记基因型内QTL基因型的混合分布特性,因此,它不仅可以精确定位控制胚乳性状的多个QTL,同时还可估计各QTL的两个显性效应。通过计算机模拟数据分析进一步验证了方法的可行性和有效性。

英文摘要:

Endosperm traits are the kind of important traits determining the grain quality in cereals. The endosperm, which is derived from two polar nuclei fusing with one sperm, is a triploid tissue whose genetic constitution is more complex than common diploid tissue. However, current statistical methods for mapping quantitative trait loci (QTL) under diploid genetic control have not been effective for dealing with endosperm traits. Based on the quantitative genetic models for triploid endosperm traits, a new maximum likelihood method implemented via EM algorithm to map QTL underlying endosperm traits was proposed in this paper. The method was established using the DNA molecular marker genotypes of each plant in segregation populations and the single endosperm observation of a few endosperms of each plant. Because of using the mixture distribution property of QTL genotypes within flanking marker genotypes, the method could not only precisely map QTL of endosperm traits, but also estimate two dominance effects of endosperm traits. Efficiency and feasibility of the methods have been verified through Monte Carlo simulation studies. The means and standard deviations of the estimated QTL effects and locations as well as the empirical powers under different QTL heritabilities and sampling strategies were listed in Table 2. These simulation results show that the proposed method provide accurate estimates of beth the QTL effects and locations with high statistical efficiency. The next step of endosperm mapping is to consider beth the maternal diploid genotype and the triploid endosperm genotypes jointly.

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期刊信息
  • 《作物学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国作物学会 中国农业科学院作物科学研究所
  • 主编:万建民
  • 地址:北京海淀区中关村南大街12号中国农业科学院
  • 邮编:100081
  • 邮箱:zwxb301@caas.cn
  • 电话:010-82108548
  • 国际标准刊号:ISSN:0496-3490
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1809/S
  • 邮发代号:82-336
  • 获奖情况:
  • 2002年-第三届中国科协优秀科技期刊二等奖,2002-2009年-百种中国杰出学术期刊,2004年获“全国优秀期刊一等奖”,2005年获第三届国家期刊奖提名奖,2009年评为“2008年度中国精品科技期刊”,2009年被评为“新中国60年有影响力的期刊”,2011年获"第二届中国出版政府奖期刊奖提名奖"
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国食品科技文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:49369