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人PSF蛋白结合长非编码RNA的筛选及鉴定
  • ISSN号:0490-6756
  • 期刊名称:四川大学学报(自然科学版)
  • 时间:2011.7.7
  • 页码:910-916
  • 分类:Q522[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]四川大学生命科学学院功能基因组实验室,成都610064, [2]海南医学院海南省热带病重点实验室,海口571101
  • 相关基金:国家自然科学基金(31000579);海南省自然科学基金(310045)
  • 相关项目:HN RNA诱导细胞恶性转化的作用机制及在肿瘤发生发展过程中的功能研究
中文摘要:

通过RNA亲和层析(RNA affinity chromatograph),4种可能与人PSF(humanpolypyrimidine tract—bindingprotein—associateds plicing factor,hPSF)蛋白结合的长非编码RNA(long non—coding RNA,lncRNA)片段在人黑色素瘤细胞yusac细胞核RNA文库中被筛选得到.它们分别定位于人内源性逆转座子L1PAl6、MERllC、非编码基因MALAT-1以及一个未知基因(unknown gene).紫外交联分析(UV crossqinking assay)证明在体外条件下这4种lncRNA片段均能与PSF蛋白结合;RNA免疫沉淀(RNA immunoprecipitation,RNA—IP)进一步证实在体内条件下这4种1ncRNA均能与hPSF发生相互作用.最后,半定量R’F—PCR表明,未知lncRNA特异高表达于人黑色素瘤细胞,其余3种lncRNA在多种人类肿瘤细胞中的丰度均较正常细胞明显升高.

英文摘要:

Four hPSF (human polypyrimidine tract-binding protein-associated splicing factor)-binding lncRNA (long non-coding RNA) fragments were isolated by RNA affinity chromatograph from a nuclear RNA library of human yusac melanoma cell line. They map to retrotransposon L1PA16 and MERllC, non-coding gene MALAT-1 and an unknown gene, respectively. UV cross-linking assay confirmed that the four lncRNAs bind to hPSF in vitro. RNA-immunoprecipitation (RNA-IP) demonstrated that they also form lncRNA/hPSF protein complexes in vivo. A screen of 9 human tumor cell lines by semi-quan titative RT-PCR shown that the lines. The other three lncRNAs cells. unknown lncRNA was exclusively expressed in human melanoma cell were also overexpressed in human tumor cells in contrast to normal

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期刊信息
  • 《四川大学学报:自然科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:国家教育部
  • 主办单位:四川大学
  • 主编:刘应明
  • 地址:成都九眼桥望江路29号
  • 邮编:610064
  • 邮箱:
  • 电话:028-85410393 85412393
  • 国际标准刊号:ISSN:0490-6756
  • 国内统一刊号:ISSN:51-1595/N
  • 邮发代号:62-127
  • 获奖情况:
  • 国家“双效”期刊,四川省十佳科技期刊,教育部全国高校优秀学报二等奖(1995,1999),四川省科技优秀期刊一等奖(1996,2000)
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,美国生物科学数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:10542