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陆川猪磷酸酪氨酸互作结构域1基因克隆及序列分析
  • ISSN号:1671-7236
  • 期刊名称:《中国畜牧兽医》
  • 时间:0
  • 分类:Q785[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]广西畜牧研究所,广西家畜遗传改良重点实验室,南宁530001
  • 相关基金:国家自然科学基金(31360544);广西自然科学基金(2013GXNSFBA019117、2011GXNSFA018109);广西水产畜牧科技推广应用项目(桂渔牧科201452020)
中文摘要:

试验旨在对陆川猪磷酸酪氨酸互作结构域1(phosphotyrosine interaction domain containing1,PID1)基因进行克隆和生物信息学分析。利用GenBank公布的猪序列设计引物,用RT—PCR扩增得到目的基因片段,并用生物信息学方法分析和预测了陆川猪PID1基因的理化性质与二级结构。结果显示,陆川猪PID1基因编码区全长654bp,编码217个氨基酸;陆川猪PID1基因与莱芜猪、牛、猕猴、人、小鼠、原鸡、大鼠、斑马鱼和非洲爪蟾相对应序列相似性分别为99.08%、87.61%、93.88%、93.58%、90.06%、83.79%、66.94%、66.52%和60.09%。系统进化树分析结果表明,PID1基因在不同物种及进化的过程中具有高度保守性。本研究成功克隆陆川猪PID1基因,为阐明其在陆川猪生长发育及脂肪沉积方面的调控研究奠定了理论基础。

英文摘要:

In order to clone the phosphotyrosine interaction domain containing 1 (PID1) gene of Luchuan pig,a pair of special primers was designed according to released sequence of Laiwu pig PID1 gene in GenBank. The PID1 gene was amplified by RT-PCR,its gene sequence characteris- tics and protein structure was systemically analyzed by bioinformatics techniques. The results showed that the cloned PID1 gene fragment included a 654 bp whole length CDS (coding 217 amino acids). The sequence multi-aligned results showed that Luchuan pig shared 99. 08%, 87.61% ,93.88% ,93.58% ,90.06%,83. 79% ,66.94%,66. 52% and 60.09% of similar nucleotide sequence with that of Laiwu pig, Bos, Macaca, Homos,Mus, Gallus,Rattus, Danio retio and Xenopus, respectively. The phylogenetic tree indicated that PID1 gene was highly conserved in the process of evolution of different species. The cloning and analysis of PID1 gene provided an important foundation for further study regulation mechanism of PID1 gene in Luchuan pig.

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期刊信息
  • 《中国畜牧兽医》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国农业部
  • 主办单位:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
  • 主编:李琍
  • 地址:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
  • 邮编:100193
  • 邮箱:zgxmsy@caas.cn
  • 电话:010-62816020 62811226 62810371
  • 国际标准刊号:ISSN:1671-7236
  • 国内统一刊号:ISSN:11-4843/S
  • 邮发代号:2-215
  • 获奖情况:
  • 1996年被农业部评为“95中国出版成就展”参展期刊...,1998年在首届全国畜牧兽医优秀科技期刊评比中总分...,2002年被中国期刊协会农业期刊分会和中国农学会评...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:22619