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部分柿属植物IRAP反应体系的建立和指纹图谱构建
  • ISSN号:1674-7968
  • 期刊名称:《农业生物技术学报》
  • 时间:0
  • 分类:S188[农业科学—农业基础科学]
  • 作者机构:[1]华中农业大学园艺植物生物学教育部重点实验室,武汉430070
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(No.30471203)资助.
中文摘要:

为建立柿属(Diospyros)植物反转录转座子间扩增多态性(IRAP)技术体系,对IRAP分析中影响PCR扩增结果的若干因子进行了研究。确立了适合柿属植物IRAP分析的技术体系:20μL反应体系中,1×Buffer、模板DNA 50ng、Mg^2+2.0mmol/L、dNTPs 0.25mmol/L、引物0.40μmol/L、Taq DNA聚合酶1.0U,矿物油20μL;PCR扩增程序:95℃ 5min;95℃ 1min.56℃ 1min,升温速率+0.6℃/s,72℃2min,循环44次;72℃延伸8min。该优化体系在7种柿属植物33个基因型的IRAP分析中获得较理想的扩增结果,扩增片段120-1500bp,不同种和柿种以下不同品种间扩增条带总数和带谱相同。每个基因型都有其独特的指纹图谱,可作为区分不同基因型的依据,尤其芽变品种的鉴别。

英文摘要:

Several main factors influencing the IRAP-PCR reaction were analyzed in order to establish the inter-retrotransposon amplified polymorphism (IRAP) molecular marker system in Diospyros spp.. The optimal system was as follows (in 20 μL reaction system): Buffer Ix, template DNA 50 ng, Mg^2+ 2.0 mmol/ L, dNTPs 0.25 mmol/ L, primer 0.40 μmol/ L, Taq DNA polymerase 1.0 U and mineral oil 20 μL. The optimal amplification program was: 1 cycle at 95 ℃, 5 min; 1 cycle at 95 ℃, 1 min; 56 ℃ 1 min; ramp +0.6℃/s to 72 ℃ ; 44 cycles of 72 ℃, 2 min, 1 cycle at 72 ℃, 8 min. Steadily and realibly profile was obtained in the 33 genotypes belonging to 7 species using the optimal system and amplification program. The size of fragments obtained ranged from 120-1500 bp, the total bands and amplification pattern were distinctive in different species and cultivals. Every genotype produced an unique fingerprint according to which different genotypes could be distinguished from each other, especially between bud spots.

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期刊信息
  • 《农业生物技术学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:中国农业大学
  • 主编:武维华
  • 地址:北京市海淀区圆明园西路2号中国农大生命科学楼1053
  • 邮编:100193
  • 邮箱:nsjxb@cau.edu.cn
  • 电话:010-62733684 62731615
  • 国际标准刊号:ISSN:1674-7968
  • 国内统一刊号:ISSN:11-3342/S
  • 邮发代号:2-367
  • 获奖情况:
  • 在《中国学术期刊评价研究报告》(2009-2010年)...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国乌利希期刊指南,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:15081