新疆重点生态功能区经济社会发展相对落后并且生态环境脆弱,是影响国家生态安全、经济安全、边疆安全及全面、协调、可持续发展的特殊地区。文章在分析新疆重点生态功能区及生态补偿状况的基础上,构建面板数据模型实证分析新疆重点生态功能区生态补偿经济效应。研究发现:生态补偿对新疆重点生态功能区经济发展虽在一定程度有促进作用,促进了居民收入的增加,但影响不显著,重点生态功能区转移支付和退牧还草补偿可以增加居民收入,退耕还林生态补偿导致居民收入减少,生态补偿"组合体"、重点生态功能区转移支付、退耕还林补偿、退牧还草补偿的"城镇"效应挤占"农村"效应。因此,需建立生态补偿主体的多元化、生态补偿方式的多样化格局以及加快产业结构调整,才能更好地促进新疆产业发展与生态平衡的双赢。