湿地生态功能区是国家“十·五”规划纲要提出的限制开发区域中的一种类型。其生态补偿机制研究,既与其他限制开发区域有共性,也有独特之处。其基本思路是:保护第一,从严控制开发行为;为确保湿地生态功能供给提供强有力的制度支持和稳定的资金支持;妥善安置生态移民;适度发展生态、高效农业和生态旅游。为此须建立湿地生态功能区补偿机制,即建立纵向与横向交错的转移支付补偿机制,加快立法进程,完善行政管理体制,配套与生态补偿机制相适应的生态税收体系等。