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哈茨木霉Th-33全基因组序列测定与分析
  • ISSN号:2095-039X
  • 期刊名称:《中国生物防治学报》
  • 时间:0
  • 分类:S476[农业科学—农业昆虫与害虫防治;农业科学—植物保护]
  • 作者机构:中国农业科学院植物保护研究所/农业部作物有害生物综合治理重点实验室,北京100081
  • 相关基金:国家自然科学基金(31371983,31071728)
中文摘要:

利用Hiseq2500高通量测序平台对哈茨木霉Th-33全基因组进行序列测定,获得196个scaffolds,共预测了10849个基因,平均长度为1776 bp(Gen Bank登录号:PRJNA272949)。以GO(gene ontology)数据库对预测出的基因做基因注释,共注释基因6238个;以KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes pathway database)数据库对预测出的基因做基因注释,有6789个基因注释到279条KEGG代谢途径。KEGG富集分析显示,对氨基苯甲酸甲酯降解代谢通路涉及基因最多,有232个基因;其次是双酚降解代谢通路,有206个基因。利用Rfam数据库对基因组序列进行RNA分类预测,共分为25个类别,包含7123个基因,其中涉及基因最多的为转录后修饰、蛋白质翻转和分子伴侣一类。比较了哈茨木霉、深绿木霉、绿木霉以及里氏木霉基因组中重寄生相关的碳水化合物活性酶、蛋白酶及次生代谢相关基因。研究结果有助于深入了解木霉菌的生防机制、推动木霉菌功能基因的挖掘和利用。

英文摘要:

The whole genome of Trichoderma harzianum Th-33 was sequenced on a Hiseq2500 instrument. A total of 196 scaffolds were assembled and 10849 genes were predicted with an average length of 1776 bp(Gen Bank number: PRJNA272949). 6238 predicted genes were annotated in gene ontology(GO) and 6789 predicted genes were mapped to 279 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG) pathways. KEGG enrichment analysis showed that the significantly enriched pathways were amino benzoate degradation pathway involving 232 genes and bisphenol degradation pathway involving 206 genes. Rfam was used for the RNA classification and predication of the genome. A total of 7123 genes were assigned to 25 categories, and the largest number of genes was involved in posttranslational modification, protein turnover, chaperones category. The mycoparasitism-related carbohydrate active enzymes, proteases and secondary metabolites-related genes in the T. harzianum, T. atroviride, T. virens and T. reesei genome were compared. The data in this study offer a better understanding of the biocontrol mechanism of Trichoderma and explore the functional genes in Trichoderma.

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期刊信息
  • 《中国生物防治学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国农业部
  • 主办单位:中国农业科学院植物保护研究所 中国植物保护学会
  • 主编:杨怀文
  • 地址:北京圆明园西路2号
  • 邮编:100193
  • 邮箱:zgswfz@hotmail.com
  • 电话:010-62815625
  • 国际标准刊号:ISSN:2095-039X
  • 国内统一刊号:ISSN:11-5973/S
  • 邮发代号:2-507
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 英国农业与生物科学研究中心文摘,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:1974