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哈茨木霉几丁质合酶基因ThChsC的克隆及序列分析
  • ISSN号:0578-1752
  • 期刊名称:《中国农业科学》
  • 时间:0
  • 分类:S436.413.1[农业科学—农业昆虫与害虫防治;农业科学—植物保护]
  • 作者机构:[1]中国农业科学院植物保护研究所/农业部作物有害生物综合治理综合性重点实验室,北京100081, [2]中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所,北京100081
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(30671400,31071728)、国家高技术研究发展计划(2011AAIOA205)、中国农业科学院植物保护研究所基本科研业务费专项(1610142011002)、植物病害生物学国家重点实验室开放基金(SKL20100P17,SKL20110P13)
中文摘要:

【目的】克隆哈茨木霉几丁质合酶基因全序列,并对序列进行生物信息学分析。【方法】利用多聚酶链式反应(PCR)和染色体步移技术(genome walking)克隆几丁质合酶基因全序列;应用生物信息学软件对获得的基因序列及编码的蛋白序列进行分析;通过同源建模,对蛋白质的三维结构进行预测。【结果】从哈茨木霉(TrichodermaharzianumTh-33)中扩增得到几丁质合酶基因ThChsC(GenBank登录号HQ419000),编码区(CDS)长为2835bp,由4个外显子和3个内含子组成,开放阅读框(ORF)长2688bp,编码895个氨基酸。序列比对和同源性分析显示,该基因与串珠状赤霉(Gibberella moniliformis,ACY08039.1)和禾生刺盘孢菌(Colletotrichumgramiaicola,AAL23718.1)几丁质合酶基因相似性最高,分别为80%和81%;相应的氨基酸序列同源性均为80%,系统进化分析表明,劢珊Jf属于III型几丁质合酶亚家族。几丁质合酶ThChsC含有1个chitin—synth-1结构域,1个Chitin—synth-1N结构域,1个Chitin—synth-2结构域,3个跨膜结构域,不含信号肽,为膜结合蛋白。对预测的三维结构分析表明,ThChsC含有糖基转移酶的保守DHD结构域。【结论】从哈茨木霉Th-33中克隆得到几丁质合酶基因ThChsC,对该基因的深入研究有助于探索哈茨木霉几丁质合成的机制。

英文摘要:

[Objective] The objective of this study is to clone and make bioinformatics analysis of the sequence of chitin synthase gene ThChsC from Trichoderma harzianum. [Method] The full length of ThChsC was cloned by polymerase chain reaction (PCR) and genome walking methods, the gene sequence obtained and the putative amino acid sequence were analyzed by bioinformatics software, and the three-dimensional structure of ThChsC was predicted by homology modeling. [Result] ThChsC (GenBank accession number HQ419000) coding sequence spans 2 835 bp and is comprised of 4 extrons inserted by 3 introns. The ThChsC contains an open reading frame (ORF) of 2 688 bp capable of encoding a polypeptide of 895 amino acids and shares 80% and 81% identity to Gibberella moniliformis chsB (ACY08039.1) and Colletotrichum graminicola chs2 (AAL23718.1 ), respectively. Phylogenetic analysis indicates that ThChsC belongs to the type III chitin synthase subfamily. The conserved Chitin_synth_1, Chitin synth 1N and Chitin_synth 2 domains and three transmembrane domains were found in the predicted ThChsC protein. A conserved DHD domain of glycosyl transferase was found in the three-dimensional structure of ThChsC predicted. [ Conclusion ] The chitin synthase gene ThChsC was cloned for the first time from Trichoderma harzianum Th-33. The further study of ThChsC will have an important significance in exploring the mechanism of chitin synthesis of Trichoderma harzianum.

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期刊信息
  • 《中国农业科学》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国农业部
  • 主办单位:中国农业科学院 中国农学会
  • 主编:万建民
  • 地址:北京中关村南大街12号中国农业科学院图书馆楼4101-4103室
  • 邮编:100081
  • 邮箱:zgnykx@caas.cn
  • 电话:010-82109808 82106279
  • 国际标准刊号:ISSN:0578-1752
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1328/S
  • 邮发代号:2-138
  • 获奖情况:
  • 中国期刊方阵“双高”期刊,第三届中国出版政府奖提名奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国食品科技文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:85620