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基于ChIP-Seq进行肿瘤/睾丸抗原XAGE-1b的DNA结合位点鉴定
  • ISSN号:1007-7626
  • 期刊名称:《中国生物化学与分子生物学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]复旦大学生命科学学院、遗传工程国家重点实验室、生物医学研究院,上海200433
  • 相关基金:国家科技重大专项资助项目(No.2012ZX10002006-002-003); 国家高技术研究发展计划生物和医药技术领域课题资助项目(No.2011AA02A114); 上海市自然科学基金资助项目(No.13431900602); 国家自然科学基金资助项目(No.30571650,No.31370927).
中文摘要:

XAGE-1b(X antigen family member 1B)属于XAGE亚家族,是一种肿瘤-睾丸抗原(cancer/testis antigen,CTA),表达于正常人睾丸组织和多种类型的肿瘤细胞中.本实验室前期研究发现,该基因在涎腺腺样囊性癌高转移细胞系中呈高表达.为了进一步研究XAGE-1b下游调控基因,本实验采用ChIP-Seq技术筛查XAGE-1b蛋白质可能存在的DNA结合片段.结果发现,XAGE-1b下游调控基因富集于细胞分裂(cell division,P-Value=7.95e-04)、细胞周期调控(cell cycle,P-Value=5.532e-03)、及癌症相关基因(GESA/MSigDB module_11,P-Value=2.010e-06)中.同时发现,XAGE-1b下游调控多个基因的表达产物(NCBI/interactions 22827,P-Value=4.678e-06)能与原癌基因c-Myc的启动子抑制蛋白PUF60发生蛋白质相互作用,并通过qPCR进行了验证.这些研究对阐明XAGE-1b在肿瘤细胞的增殖和转移中的作用有重要意义.

英文摘要:

XAGE-lb is a cancer/testis antigen and belongs to XAGE subfamily. XAGE-1b protein was found in testis and varieties of tumor tissues. Our previous study found the expression of XAGE-1b in the high metastatic cell line of adenoid cystic carcinoma of salivary gland is significantly higher than in low metastatic cell line. In this study, we profiled the genome-wide DNA binding sites of XAGE-1b by chromatin immunoprecipitation followed by high-throughput sequencing (ChIP-Seq) on Illumina HiSeq 2000 platform. The downstream genes were indentified and was found highly enriched in cell division(P- Value = 7. 95e-04), cell cycle (P-Value = 5. 532e-03 ) in GOSlim analysis and in cancer modules (GESA/MSigDB module 11, P-Value = 2. 010e-06) in HOMER analysis. The result also relvealed that XAGE-1 b protein regulates c-Myc indirectly by promoter repressor protein PUF60 binding proteins such as PABPC1. It proposed that XAGE-lb may play an important role in metastatic, proliferation and tumorigenesis through e-Myc-dependent pathway.

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期刊信息
  • 《中国生物化学与分子生物学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国生物化学与分子生物学会 北京大学
  • 主编:周春燕
  • 地址:北京市学院路38号北京大学医学部
  • 邮编:100083
  • 邮箱:shxb@bjmu.edu.cn
  • 电话:010-82801416
  • 国际标准刊号:ISSN:1007-7626
  • 国内统一刊号:ISSN:11-3870/Q
  • 邮发代号:82-312
  • 获奖情况:
  • 被美国《CA》列入世界引用频次最高的《千种表》
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:9731