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生物信息学技术分析并克隆超级稻生长素结合蛋白cDNA
  • ISSN号:1000-0275
  • 期刊名称:《农业现代化研究》
  • 时间:0
  • 分类:Q785[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]湖南农业大学湖南省植物激素与生长发育重点实验室,湖南长沙410128, [2]佛山科学技术学院,广东佛山528000, [3]湖南农业大学生物科学技术学院,湖南长沙410128
  • 相关基金:国家自然科学基金《植物激素、植酸与杂交水稻籽粒灌浆的关系及调控的研究》(编号:30600049).
中文摘要:

为进一步研究超级稻的生长素结合蛋白,采用生物信息学方法获得其全长cDNA序列,并进行分析;对全长序列进行了全长验证。从数据库搜索获得了一条水稻cDNA序列,含一个推测的206个氨基酸的开放阅读框,与其它植物的ABP1cDNA序列和ABP1蛋白质序列具有明显的同源性,并且其推测编码的蛋白质的各种性质。类似于其它植物的ABP1。结果显示,该序列为水稻的ABP1cDNA。以该序列为指导,利用RT—PCR扩增超级稻ABP1cDNA,并克隆测序,其序列与电子搜索结果一致。

英文摘要:

In order to study super rice auxin-binding protein 1, its full-length cDNA sequence was obtained and analyzed by bioinforrnatics and laboratory bench-work. In the results, a rice cDNA sequence was got from nucleotide sequence database, the putative open reading frame of the sequence encodes a presumptive protein containing 206 amino acid residues. Blast against the current GenBank DNA and protein sequence database reveal significant homology with the ABP 1 of other plants, and the functions of presumptive protein resemble these of the ABP 1 of other plants. These results suggest the sequence is rice ABP1cDNA. Based the sequence, ABP1cDNA of super rice was amplified with RT-PCR and cloned for sequencing, the result of sequencing accord with electronic seaching outcome.

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期刊信息
  • 《农业现代化研究》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院农业研究委员会 中国科学院亚热带农业生态研究所
  • 主编:王克林
  • 地址:湖南长沙市芙蓉区远大二路644号
  • 邮编:410125
  • 邮箱:nyxdhyj@isa.ac.cn
  • 电话:0731-4615231
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-0275
  • 国内统一刊号:ISSN:43-1132/S
  • 邮发代号:42-46
  • 获奖情况:
  • 中国科学院优秀期刊,湖南省一级期刊,湖南省优秀期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 英国农业与生物科学研究中心文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国人文社科核心期刊,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:19728