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MrBayes(MC)~3GPU算法的优化
  • ISSN号:1671-8836
  • 期刊名称:武汉大学学报(理学版)
  • 时间:0
  • 页码:157-164
  • 分类:TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]南开大学信息技术科学学院,天津300071
  • 相关基金:国家自然科学基金(60903028,61070014)资助项目,天津市科技支撑计划重点项目(11ZCKFGX01100)
  • 相关项目:适合并行系统结构的存储系统多容错编码设计及其算法优化
中文摘要:

为了进一步提高CPU-GPU协同贝叶斯种系发生算法n(MC)3的并发度,本文在n(MC)3算法基础上提出了优化算法,修改算法并行策略,重组计算次序,削弱相邻计算节点之间的依赖关系,增强GPU空闲单元的利用,实现了更高的加速比,显著提高了算法性能.

英文摘要:

MrBayes is a phylogenetic analysis program, which now is exIensively used in phylogenetics. Considering the high parallelism of GPU(graphic process units), Jianfu Zhou and others from Nankai University put forward a changed CPU- GPU collaborative algorithm of MrBayes, and have achieved wonderful result. In this thesis, we put forward an optimization algorithm of MrBayes on the basis of CPU-GPU collaborative algorithm above. By changing the algorithm and reorganizing the order of calculation, we improved speedup ratio and achieved better performance indeed.

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期刊信息
  • 《武汉大学学报:理学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国2教育部
  • 主办单位:武汉大学
  • 主编:刘经南
  • 地址:湖北武昌珞珈山
  • 邮编:430072
  • 邮箱:whdz@whu.edu.cn
  • 电话:027-68756952
  • 国际标准刊号:ISSN:1671-8836
  • 国内统一刊号:ISSN:42-1674/N
  • 邮发代号:38-8
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:6988