合作社规模的扩大必然会导致合作社成员的异质性问题的扩大,必然导致合作社所有权与经营权的分离,社员与经营管理者之间必然存在委托代理关系。我国农民专业合作社委托代理问题的治理仍存在缺陷,作为经济人的代理人在追求自身利益的同时,侵害中小社员的利益。合作社不同于股份制企业,要结合合作社的特点,完善合作社委托代理关系的治理制度。强化内部监督激励机制应成为合作社降低代理成本的主要途径。