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盐析法快速提取口腔拭子DNA
  • ISSN号:0258-879X
  • 期刊名称:第二军医大学学报
  • 时间:0
  • 页码:1370-1374
  • 语言:中文
  • 分类:Q503[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]南昌大学医学院生物化学与分子生物学教研室,南昌330006
  • 相关基金:国家自然科学基金(30860319); 江西省科技支撑计划(2009BSB09502)~~
  • 相关项目:非编码反义RNA靶向表观调控INK4/ARF基因座的分子机制探索
中文摘要:

目的建立盐析法快速从口腔拭子中提取基因组DNA的方法。方法首先以细胞裂解液和蛋白酶K消化口腔上皮细胞,然后用5 mol/L NaCl沉淀蛋白质,用异丙醇沉淀DNA,最后用70%乙醇洗涤得到的DNA并将其溶于TE(10mmol/L Tris-HCl,1 mmol/L EDTA,pH 8.0)中。用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术对TP53基因的rs1042522和CHRNA3基因的rs12910984位点进行分型。对不同基因型的样本测序验证。结果单支口腔拭子提取得到的DNA量在0.68~2.56μg之间,D260/D280比值在1.77~1.94之间。经PCR扩增和酶切消化,10个样本的两个单核苷酸多态性都得到了清楚分型。酶切结果与测序结果吻合。结论本实验所建立的盐析法可以快速、简便、经济地从口腔拭子得到高质量的基因组DNA。

英文摘要:

Objective To establish a rapid salting out method for extraction of genomic DNA from buccal swabs.Methods Buccal epithelial cells were digested with cell lysate solution and proteinase K solution.Then the proteins were removed by salting out and centrifugation and DNA was precipitated with isopropyl alcohol.Finally,the precipitations of DNA were washed with 70% ethanol and were resuspended in TE.The rs1042522 loci of TP53 gene and rs12910984 loci of CHRNA3 gene were genotyped by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism(PCR-RFLP) technique.The samples with different genotypes were confirmed by direct sequencing analysis.Results The DNA yield of single buccal swab ranged from 0.68 to 2.56 μg;the D260/D280 value ranged from 1.77 to 1.94.After PCR amplification and enzyme digestion,two single nucleotide polymorphisms(SNPs) of 10 samples were clearly genotyped.The results of PCR-RFLP agreed well with the results of direct sequencing.Conclusion The present salting out method is rapid,simple,and economical for DNA extraction from buccal swabs.The obtained genomic DNA is of high quality.

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期刊信息
  • 《第二军医大学学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:第二军医大学
  • 主办单位:第二军医大学
  • 主编:吴孟超
  • 地址:上海市翔殷路800号
  • 邮编:200433
  • 邮箱:bxue@smmu.edu.cn
  • 电话:021-81870791
  • 国际标准刊号:ISSN:0258-879X
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1001/R
  • 邮发代号:4-373
  • 获奖情况:
  • 2008年被评为首批"中国精品科技期刊"2008年获第二...,2004年获第四届全军医学期刊质量评比优秀奖,2002年获第二届国家期刊奖百种重点期刊奖,2000年获首届《CAJ-CD规范》执行评优活动执行优秀奖,1999年获上海高校优秀自然科学学报评比一等奖,1999年获全国高校自然科学学报及教育部优秀科技期...,1997年获上海科技期刊评比二等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,荷兰医学文摘,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:30859