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基于序列预测蛋白质和RNA的相互作用
  • ISSN号:1673-9590
  • 期刊名称:《大连交通大学学报》
  • 时间:0
  • 分类:TP18[自动化与计算机技术—控制科学与工程;自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
  • 作者机构:[1]大连交通大学理学院,辽宁大连116028
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(11201045); 辽宁省教育厅高等学校科学研究计划资助项目(L2011068)
中文摘要:

从计算的角度出发,考虑到当前蛋白质和RNA相互作用数据的实际情况,基于蛋白质和RNA的序列成分信息,构建预测模型.通过来自PDB的3149个蛋白质-RNA相互作用对得到的氨基酸三联体-核苷酸的相互作用倾向性值,定义了一个权重倾向性度量,用来度量每一对蛋白质-RNA序列中三联体-核苷酸的相互作用倾向性.为了避免特征的冗余性,基于较高倾向性以及成分特征构建特征向量,用于预测蛋白质-RNA相互作用.计算结果显示文中预测模型(SVM模型)和算法的有效性.

英文摘要:

Considering the limitations of present protein-RNA interaction data,a prediction model is constructed based only on sequence information. Utilizing 3149 protein-RNA interaction pairs in PDB,the interaction propensity of amino acid triplets and nucleotide acids are computed. A weighted interaction propensity measure is defined to compute the interaction propensity of amino acid triplets nucleotide acid for each pair. In order to avoid the feature redundancy,the amino acid triplet-nucleotide acid combinations with higher propensity and composition-based features are selected to build up feature vectors,and predict protein-RNA interaction. The computational results prove the effectiveness of the prediction model( SVM model) and algorithm.

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期刊信息
  • 《大连交通大学学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:辽宁省教育厅
  • 主办单位:大连交通大学
  • 主编:李学伟
  • 地址:大连市沙河口区黄河路794号
  • 邮编:116028
  • 邮箱:bjb@djtu.edu.cn
  • 电话:0411-84106275
  • 国际标准刊号:ISSN:1673-9590
  • 国内统一刊号:ISSN:21-1550/U
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,中国中国科技核心期刊
  • 被引量:1999