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基于Fiedler向量的基因表达谱数据分类方法
  • ISSN号:1671-8135
  • 期刊名称:中国生物工程杂志
  • 时间:0
  • 页码:82-86
  • 语言:中文
  • 分类:Q811.4[生物学—生物工程]
  • 作者机构:[1]安徽大学计算智能与信号处理教育部重点实验室,合肥230039
  • 相关基金:国家自然科学基金(60772121)资助项目
  • 相关项目:基于谱图理论的非刚体形状匹配
中文摘要:

尝试将一种基于图的Fiedler向量的聚类算法引入到基因表达谱数据的肿瘤分类中来。该方法将分属不同类的所有样本通过高斯权构造Laplace完全图,经SVD分解后获得Fiedler向量,利用各样本所对应的Fiedler向量分量的符号差异来进行基因表达谱数据的分类。通过模拟数据仿真实验和对白血病两个亚型(ALL与AML)及结肠癌真实数据实验,证明了这一方法的有效性。

英文摘要:

An algorithm for classification of gene expression data based on Fiedler Vector was proposed.Firstly,the Laplacian matrix of complete graph is constructed on all the different types of gene expression data.Then,the Fiedler Vector is obtained by the singular value decomposition of this Laplacian matrix.Finally,the samples are divided into two classes by utilizing the signs of the Fiedler Vector components.The effectiveness of this algorithm has been proven by simulation experiment and real data experiment.

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期刊信息
  • 《中国生物工程杂志》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院文献情报中心 中国生物技术发展中心 中国生物工程学会
  • 主编:张树庸
  • 地址:北京市中关村北四环西路33号
  • 邮编:100080
  • 邮箱:biotech@mail.las.ac.cn
  • 电话:010-82624544 82626611-6631
  • 国际标准刊号:ISSN:1671-8135
  • 国内统一刊号:ISSN:11-4816/Q
  • 邮发代号:82-673
  • 获奖情况:
  • 1991年中国科学院科技进步三等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:12959