分子生物学理论与技术的迅速发展给衣原体的分类鉴定带来了巨大的革新。用遗传学原理和方法分析衣原体种、属间的亲缘关系是决定生物表型特征的遗传物质核酸作为比较的准绳,不仅仅可发现和认识新菌株,还可进行流行病学分型等研究,因此显示出了巨大的优势,所以它是一种客观和可信度较高的分类方法。