高新集聚创新区已成为我国高新技术产业发展的重要创新地和辐射源,特别是中关村国家自主创新示范区已成为拉动首都经济增长的引擎。因此,建立一套科学的、有效的创新能力评价指标体系必不可少。文章在因子分析和层次分析赋权方法的基础上,提出了一种真正意义上的绩效评价方法:FA-AHP组合赋权法,并对中关村高新区2001年-2015年的创新数据进行了纵向综合评价,并认为高新集聚区应在7个主要方面着力发展其创新能力。