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机器学习方法用于二氢叶酸还原酶抑制剂的活性预测
  • ISSN号:0251-0790
  • 期刊名称:《高等学校化学学报》
  • 时间:0
  • 分类:O641[理学—物理化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]四川大学化学学院, [2]纳米生物医学技术与膜生物学研究所,成都610064
  • 相关基金:国家“八六三”计划项目(批准号:2006AA022317)和国家自然科学基金(批准号:30670953)资助
中文摘要:

分别采用支持向量学习机、人工神经网络、调节性逻辑回归和K-最临近等机器学习方法对761个二氢叶酸还原酶抑制剂建立了其活性分类预测模型.采用组成描述符和拓扑描述符表征抑制剂的分子结构及物理化学性质,使用Kennard—Stone方法进行训练集的设计,并用Metropolis Monte Cado模拟退火方法作变量选择.结果表明,支持向量学习机优于其它机器学习方法,所得到的最优模型具有较好的预测结果,其预测正确率为91.62%.说明通过合适的训练集设计及变量选择,支持向量学习机方法可以很好地用于二氢叶酸还原酶抑制剂的活性分类预测.

英文摘要:

Machine learning methods, including Support Vector Machine, Artificial Neural Network, Regularized Logistic Regression and K-Nearest Neighbor, are used to develop the classification models for a set of 761 DHFR inhibitors. Constitutional descriptors and topologieal deseriptors are calculated to charaeterize the structural and physicochemical properties of compounds and Kennard-Stone method is used to design the training set and Metropolis Monte Carlo simulated method is used for feature selection. It is shown that SVM method outperforms other machine learning methods used in this study and the final SVM model after feature selection can give a prediction accuracy of 91.62%. This suggests that SVM method with proper training set design and feature selection is potentially useful for the prediction of the activity of a diversity set of DHFR inhibitors.

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期刊信息
  • 《高等学校化学学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:吉林大学 南开大学
  • 主编:周其凤
  • 地址:吉林大学南胡校区
  • 邮编:130012
  • 邮箱:cjcu@jlu.edu.cn
  • 电话:0431-88499216
  • 国际标准刊号:ISSN:0251-0790
  • 国内统一刊号:ISSN:22-1131/O6
  • 邮发代号:12-40
  • 获奖情况:
  • 首届及第二届国家期刊奖,连续两届“百种中国杰出学术期刊”,中国期刊方阵“双高”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,美国科学引文索引(扩展库),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:50676