发展战略性新兴产业是中国经济结构优化、产业结构调整升级的重大战略选择,学术界对政府补贴在促进其发展中的重要作用已经做过大量分析与证明,但实践效果却与理论分析结果存在较大的偏差。文章通过构建政府补贴与企业行为的动态博弈模型,分析了战略性新兴产业中政府补贴有效的条件和影响因素,并选取80家分属七大类战略性新兴产业的上市公司2002-2011年的面板数据对政府补贴有效的影响因素进行了验证,得出以下结论:在政府补贴的诱导下,潜在企业进入战略性新兴产业是一种理性行为,但一旦进入,大部分企业又会把补贴资金用于与产业发展无关的其他高收益途径。总体而言,政府补贴没有促进战略性新兴产业中的企业科研投入。造成这种无效的主要原因有政府对企业行为监督的困难,也有政府惩罚力度的不够。但分行业的回归分析结果表明,新能源产业和新能源汽车产业的政府补贴是有效的。前者可通过政府检查成本较低和政府惩罚起到重要作用来解释;后者主要解释为企业规模大有利于市场开拓,并且经营历史有利于使用补贴进行有效研发。由此,文章也得出了一些有价值的政策建议。