位置:成果数据库 > 期刊 > 期刊详情页
基因本体论在福氏志贺菌转录组研究中的应用
  • ISSN号:1004-1389
  • 期刊名称:西北农业学报
  • 时间:2014.12.25
  • 页码:17-24
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所,农业部兽用药物创制重点实验室,兰州730050
  • 相关基金:国家自然科学基金(31272603;31101836)
  • 相关项目:福氏志贺菌非编码小RNA基因的筛选、鉴定与功能研究
中文摘要:

利用RNA-seq技术进行环丙沙星敏感和耐药的福氏志贺菌2457T株的序列测定与组装,对其碱基序列借助基因本体(Gene Ontology,GO)在生物进程、细胞组分、分子功能三方面进行注释和生物学分析。研究经过耐药诱导的转录组差异表达情况,并探讨差异表达基因在耐药性产生过程中的作用及相互关系。结果表明,通过耐药诱导有3 641个基因差异表达,其中961个GO条目注释到39个功能类别。同时发现硫酸盐、硝酸盐氧化还原相关酶系,电子/H^+传导基因,膜转运蛋白,ABC外排泵家族4类耐药相关的功能基因组分。

英文摘要:

The sequence and assemble the transcriptome of ciprofloxacin-sensitive and-resistant Shigella flexneri 2457 Tstrain was conducted by RNA-seq and Gene Ontology was used to annotate and analyze the base sequence in biological processes,cellular components,molecular functions.After the study of drug-induced transcriptome expression differences,and the role of genes differentially expressed in the process of drug resistance and their relationship was explored.Results showed that there were 3 641 genes differentially expressed,of which 961 GO annotation entries to 39 functional categories.At the same time,drug-related functional gene components were found,including sulfates and nitrates redox-related enzymes,electronic/ H^+spread genes,membrane transport proteins and ABC efflux pump family.

同期刊论文项目
同项目期刊论文
期刊信息
  • 《西北农业学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:西北农林科技大学 甘肃、宁夏、青海、新疆农(林)业科学院 青海、新疆畜牧(兽医)科学院及新疆农垦科学院
  • 主编:廖允成
  • 地址:陕西杨凌邰城路3号西北农林科技大学西林校区大铁10号信箱
  • 邮编:712100
  • 邮箱:xbnx@chinajournal.net.cn
  • 电话:029-87082760 87082010
  • 国际标准刊号:ISSN:1004-1389
  • 国内统一刊号:ISSN:61-1220/S
  • 邮发代号:52-111
  • 获奖情况:
  • 教育部科技司颁发的"优秀科技期刊二等奖"等
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:27312