定量蛋白质组学可以动态、整体地研究肿瘤等复杂、多因素的重大疾病。它被认为是本世纪六大前沿课题之一。小波基具有良好的时-频局部性。用它对海量质谱数据做像信号去噪之类的处理非常有效。本项目研究小波分析在定量蛋白质组学的三个应用1.用小波分析改善液质联用(LC-MS)和液相色谱-串联质谱联用(LC-MS-MS)的数据分析。2.将小波滤波方法引入蛋白质组学中的ASAPRatio程序,来取得更精确的结果。3.开发流水线软件系列,用蛋白质组学数据库来研究蛋白异形体和蛋白翻译后修饰(PTMs)。本项目的难点和关键问题有1. 提高质谱数据定量分析软件的精确性。2.利用质谱数据寻找由可变剪切形成的新的蛋白异形体。3.利用质谱数据寻找蛋白质翻译后修饰(PTMs)。本项目的成功实施,将产生更精确以及更有效地利用高通量质谱数据的算法和软件。对有效地利用差异蛋白质组学找出肿瘤标记物和药物靶点产生积极影响。
wavelet analysis;image de-noising;liquid spectrometry(LC-MS);quantitative proteomics;mass spectrometry(MS) analysis
本项目组在基金委资助下,对小波分析在定量蛋白质组学下的应用进行研究。本项目组完成了预期的目标,取得了很好的成果。在理论方面,本项目组主要的研究内容是小波框架的构造以及指数衰减的小波面具的分析。本项目组共发表12篇SCI期刊论文(均有基金标注),共有10次引用。其中有4篇发表在本专业的国际顶级期刊上。这4篇论文的影响因子均大于3,本人均为第一作者。另外还有一篇本项目组成员参与完成的化学方面的论文,其中用到了小波分析,影响因子为13.198。在应用方面,本项目组的成员还参与完成1项相关软件和专利。该软件应用以小波分析为核心的小波域图像去噪算法,对液质联用的多肽滴定数据实现更精确的质谱分析。本项目组积极宣传所做成果。在国际会议上累计被邀请做了11人次的学术报告,其中本人和李松教授分别两次被邀请出国做学术报告。在人才培养方面,本项目组成员中有两个博士后在基金资助期间顺利出站;三名博士在基金资助期间顺利毕业;一名硕士在资助期间顺利毕业。目前本项目组已建立一定的学术声誉。比如说,包括本人在内,本项目组中多人频频收到相关国际期刊的审稿邀请。其中包括《IEEE Transactions on Information Theory》,《Applied and Computational Harmonic Analysis》这样的本专业的国际顶级期刊。