彩色马铃薯具有的抗氧化活性功能及天然的植物源色素生产原料的特点为色素研究提供了新的原材料。世界2千万公顷的马铃薯种植面积为彩色马铃薯的生产及色素提取提供了巨大潜力,使彩色马铃薯很快成为色素研究热点。项目通过评价引进的二倍体彩色马铃薯资源,筛选白皮紫肉或白皮红肉的基因型作亲本,培育块茎皮色和肉色分离的彩色马铃薯二倍体群体,消除彩色马铃薯块茎皮色对肉色基因定位的影响。结合块茎色素评价结果,利用SSR等分子标记方法筛选与马铃薯块茎肉色相关的分子标记,再对照已克隆的马铃薯块茎皮色相关基因的分子标记,初步定位彩色马铃薯块茎肉色相关基因。从分子遗传学的角度分析彩色马铃薯块茎肉色呈现紫色或红色的遗传机理。