中文摘要：

栽培番茄中缺乏易于检测且稳定可靠的分子标记，严重阻碍了分子育种的进程。本项目拟通过比较醋栗番茄和栽培番茄的基因组序列，确定二者之间的InDel位置，设计引物在10-12个栽培品种中进行PCR扩增验证，获得可用于栽培番茄的InDel标记。同时通过对自然群体（100个栽培种自交系）和由番茄红素含量高的品种OH9242衍生的回交自交群体（含176个系）进行番茄红素含量测定和基因型分析，确定与番茄红素含量相关的基因和QTL。然后分析由OH9242与番茄红素含量低的材料OH8245或不含番茄红素的材料PI114490杂交获得的F2群体中每个个体的番茄红素含量和基因型，最终对相关基因和QTL进行精细定位。这项研究旨在从全基因组范围内开发出可用于栽培番茄的InDel标记，并探讨其在番茄红素含量遗传研究和标记辅助选择中的应用前景。

结论摘要：

栽培番茄中缺乏易于检测且稳定可靠的分子标记，严重阻碍了分子育种的进程。本项目采用比较基因组学分析方法，从醋栗番茄材料LA1589和栽培番茄品种Heinz1706的基因组序列中鉴定到145695个候选InDel标记。选取均匀覆盖12条染色体的3029候选InDel标记进行PCR验证，发现82.4%的多态性是真实的。在LA1589和Heinz706中有多态性的2272个InDel标记中，31.6%在栽培番茄中有多态性，从而推测任意两个番茄材料之间可能存在2100-28800个InDel标记，为栽培番茄中重要性状的遗传分析和标记辅助选择提供了可利用的标记。同时，用均匀分布于12条染色体上的531个InDel标记对192份番茄材料进行基因型分析，测定了192份材料在田间种植3年的番茄红素含量，进行关联分析，获得了控制番茄红素含量的QTL，并采用3个F2群体进行了位点的验证和精细定位，为克隆这些QTL和解析提高番茄红素含量的途径提供了技术支撑。另外，本项目先后有6名研究生参与，2名博士研究生和3名硕士研究生分别于2012-2014年毕业，还有1名博士生将于2016年12月毕业；已发表SCI论文1篇，还有2篇SCI论文正在撰写中。总的说来，本项目按计划完成了研究内容。