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基于比较基因组学的方法搜索细菌外源基因池
  • 项目名称:基于比较基因组学的方法搜索细菌外源基因池
  • 项目类别:青年科学基金项目
  • 批准号:30700013
  • 申请代码:C010302
  • 项目来源:国家自然科学基金
  • 研究期限:2008-01-01-2010-12-31
  • 项目负责人:欧竑宇
  • 负责人职称:教授
  • 依托单位:上海交通大学
  • 批准年度:2007
中文摘要:

比较基因组分析揭示了细菌基因组的多样性,同个种内不同菌株的染色体除了拥有保守骨架外,还有一些菌株特异的、通过水平转移获得的基因组岛。岛上所携带的外源基因有助于维持细菌在特定生态环境中获得优势。本项目结合生物信息学和分子实验技术搜索细菌新基因组岛,快速挖掘外源基因池。通过序列比较分析识别已测序菌株基因组岛插入的位点;基于这些位点两侧保守骨架,采用PCR方法搜索和确定临床菌株中新基因组岛;利用酵母捕捉载体克隆和测序新岛,分析岛上重要基因的功能。以医源性感染最重要的多重耐药条件致病菌之一肺炎克雷伯菌为研究对象,为高通量搜索和确定包括肺炎克雷伯菌、肠道沙门氏菌和铜绿假单菌等重要耐药致病菌的外源基因池奠定基础。外源基因池的建立将有助于更为深入地理解细菌基因组多样性和基因水平转移机制,为阐明致病分子机理和抗生素抗性传播机制积累数据

结论摘要:

英文主题词Klebsiella pneumoniae; species gene pool; genomic island; tRNA/tmRNA gene


成果综合统计
成果类型
数量
  • 期刊论文
  • 会议论文
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