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miRNA和siRNA在生物调控网络中若干关键特征分析和识别
  • 项目名称:miRNA和siRNA在生物调控网络中若干关键特征分析和识别
  • 项目类别:面上项目
  • 批准号:60973091
  • 申请代码:F020504
  • 项目来源:国家自然科学基金
  • 研究期限:2010-01-01-2012-12-31
  • 项目负责人:许志闻
  • 负责人职称:教授
  • 依托单位:吉林大学
  • 批准年度:2009
中文摘要:

从已有的基因序列特征出发,根据全面的癌症实验数据,分析和提取实验的统计信息和序列特征信息,力求发现具有相关的生物序列特征和调控网络特征,从miRNA和siRNA角度认识、发现和识别生物调控规律。具体完成以下几项工作1、通过建立基因、蛋白质、DOMAIN、miRNA和siRNA相互关联的数据库,以癌基因为基础,根据各种癌症的实验数据,分析和识别实验数据和生物网络相关特性。2、采用已被证实RNA病毒致癌的特性,研究致癌的病毒、siRNA、致癌基因的相互关系,总结和发现癌基因、siRNA和病毒生物调控网络特征。3、研究siRNA和miRNA的相互关系,从实验数据和序列特征比较两者的作用,认识和发现两者的序列特征、生物调控网络特征,判断siRNA是否与miRNA的某些调控功能相同。4、采用人工智能、模糊计算、聚类、贝叶斯分类、自动推理等技术发现miRNA和siRNA的生物调控规律。

结论摘要:

癌症仍是人类难以攻克的恶疾,医学研究者发现癌症的预测、发生和治疗都与基因、miRNA有密切关系,病毒也会影响癌症的发生,同时研究表明siRNA与miRNA在序列和功能上有相似之处,通过siRNA来预测miRNA的功能将是治疗癌症的一种可行的策略。我们研究的主要内容包括癌症相关的病毒同癌症机制的研究;siRNA与miRNA的共性和特性对比分析,发现一些miRNA和某些siRNA具有相同结合位点序列,它们可能具有相近的功能,从而通过siRNA来分析miRNA在癌症中潜在的功能;分析siRNA,miRNA与病毒在癌症中的作用。基于癌症的实验数据,主要是癌症相关(差异表达和非差异表达)的基因、miRNA及其调控关系构建和分析了基因与miRNA组成的癌症网络,构造了癌症的3种网络差异表达网路,相关表达网络,总表达网络。提取了3种网络中关键调控关系并对比分析了它们的特点,提取了各种癌症中转录因子与miRNA间相互调控的重要关系。开发 miRNA与病毒的分析程序、siRNA与病毒的分析程序、同族病毒的比对程序以及病毒的小RNA致癌特征分析软件。构建基于实验数据(癌症相关的基因与miRNA)的各种癌症调控网络,并构建相关的生物网络数据库。我们的研究部分地揭示了癌症的发病机理,部分地揭示了病毒,miRNA,siRNA,基因在癌症中的作用,它们对癌症产生作用的机制。


成果综合统计
成果类型
数量
  • 期刊论文
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