本课题将通过对cDNA差减A-N文库中所获取的差异表达片段,通过生物信息学分析预测其可能的结构功能及组织分布。对有意义的候选基因进行标记,通过组织芯片进行高通量的检测,确定其在结直肠癌、腺瘤、正常粘膜中的表达差异、组织中的分布和组织细胞中定位。确定这些结肠腺瘤差异表达基因的表达对结直肠癌细胞系侵袭能力的影响,明确其性质、表达形式。在此基础上,探讨形成这一表达差异的分子基础,从而阐明差异表达片段在结直肠癌发生发展中的作用,为今后的早期诊断、治疗和预防提供分子基础。
以自行搭建的核酸分析平台对腺瘤-正常SSH文库进行全面系统的分析,共鉴定了62个候选基因。其中,6 个为核糖体蛋白基因,定量PCR证实这些核糖体蛋白基因在腺瘤中表达。UniGene电子Dot-blot生物信息学分析发现REG4等基因在结直肠组织分布相对特异。FAM46A经 5'-RACE获取cDNA全长,发现并鉴定了一个新的短串联重复序列(VNTR)。YWHAZ、PERP、REG4、FAM46A等基因定量PCR和/或cRNA探针原位杂交检测证实这些基因在结直肠腺瘤表达增高。REG4和FAM46A制备了特异性抗体,免疫组织化学染色、Western-blot验证REG4在结直肠腺瘤高表达,但FAM46A蛋白表达升高不显著。以基因转染或小RNA干扰等方法对REG4、FAM46A等基因的功能进行初步研究。这些差异表达基因的研究将有助于揭示腺瘤发生的分子机制,为结直肠癌的早期诊断、预防和治疗提供分子基础。