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对太湖大型底栖动物一周年的研究共记录底栖动物17科50种，寡毛类和软体动物是为优势类群，但在各湖区差异显著。河口区（Ⅶ）和梅梁湾、竺山湾（Ⅰ）寡毛类丰度最高，年平均密度达20947 和7425 ind/m2，湖心区（Ⅵ）寡毛类仅93 ind/m2。软体动物在太湖广泛分布，在贡湖湾（Ⅱ）、西湖区（Ⅲ）、东部湖湾（Ⅴ）、Ⅵ湖区年均密度所占比重都大于25%，在东太湖（Ⅳ）更是达到62.4%。河蚬在Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ区丰度最高，年均密度分别为311 ind/m2、460 ind/m2、129 ind/m2。螺类集中分布在Ⅳ和Ⅴ区，年均密度为389 和121 ind/m2。摇蚊幼虫空间分布差异较大，Ⅰ和Ⅶ区丰度较高但主要是耐污能力较强的长足摇蚊属和摇蚊属幼虫，Ⅳ和Ⅴ区的摇蚊幼虫种类较多且各种类的丰度相当。主成分排序分析将太湖底栖动物分为三个群组，决定群组A、B不同群落组成结构的因子是底质的类型和营养水平，而决定群组C不同于群组A、B的关键因子是水生植物的分布。多样性指数显示Ⅳ和Ⅴ区底栖动物多样性显著高于其他湖区。研究表明太湖底栖动物的多样性大小很大程度上受到生境的异质性和底质营养水平的影响。