MFS家族是已知最大的一个膜转运蛋白家族,参与多种必要的生理活动。理解MFS家族转运蛋白的转运机理是非常重要的。根据目前的理论,MFS家族转运蛋白通常在两种主要构象间切换。这两种构象分别为面向细胞外开放和面向细胞内开放的构象,分别用于摄取和释放被转运物质。已知结构的MFS家族蛋白多为向内开放的构象。岩藻糖转运蛋白FucP(fucose permease)是数月前刚解析出结构的MFS家族成员。FucP同时转运L-fucose和质子。由于FucP具有向外开放的构象,这一结构有助于人们理解MFS家族蛋白的机理。本项目计划由FucP的晶体结构出发,使用分子动力学模拟技术,根据理论计算和分析,结合生化实验,研究FucP的分子转运机理,即FucP是如何通过构象变化完成对质子和L-fucose的共转运。另外,本项目还计划研究造成FucP底物选择性的分子机理。
MFS transporter;FucP;molecular dynamics simulation;molecular mechanism;large-scale conformational change
MFS家族是已知最大的一个膜转运蛋白超家族,参与多种必要的生理活动。因此,深入理解MFS家族转运蛋白的转运机理非常重要。目前广泛认为,MFS家族转运蛋白通常在两种主要构象间切换。这两种构象分别为面向细胞外开放和面向细胞内开放的构象,分别用于摄取和释放被转运物质。岩藻糖转运蛋白FucP(fucose permease)是MFS家族成员中第一个解析出对胞外开放构象的蛋白。该蛋白共转运质子和L型岩藻糖(L-fucose),并利用前者的电化学梯度完成后者在细胞内的积累。本项目中,我们使用分子动力学模拟技术研究FucP的分子机理。根据计算机模拟和相关理论计算,结合生化实验结果,我们发现FucP利用了一个酸性残基Glu135偶联质子结合和蛋白构象变化。具体而言,Glu135结合质子后,可以触发FucP从对胞外开放构象转化为对胞内开放构象,从而完成对质子和L-fucose的共转运。另外,本项目还研究了MFS家族另外两个成员木糖转运蛋白XylE(xylose transporter)和葡萄糖转运蛋白Glut1(glucose transporter)的工作机理。