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Combining docking and comparative molecular similarity indices analysis (COMSIA) to predict estrogen activity and probe molecular mechanisms of estrogen activity for estrogen compounds
  • ISSN号:0253-2786
  • 期刊名称:《有机化学》
  • 时间:0
  • 分类:Q5[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]State Key Laboratory of Pollution Control and Resources Reuse, School of Environment, Nanjing University, Nanjing 210093, China, [2]School of Pharmacy, Nanjing Medical University, Nanjing 210029, China
  • 相关基金:Supported by National Natural Science Foundation of China (Grant No. 20507008), National Natural Science Foundation Key Project of China (Grant No. 20737001) and National Basic Research Program of China (973 Program) (Grant No. 2003CB415002)
中文摘要:

雌激素混合物被怀疑破坏内分泌的功能由模仿国王天赋荷尔蒙,并且如此的混合物可以形成严肃的威胁到人和野生动物的健康。靠近的注意为雌激素混合物对预言和雌激素活动的分子的机制被给予了。在这篇文章,雌激素受体 α 子类型(ERα) 基于比较分子的类似索引分析(COMSIA ) 与结构的差异在 44 雌激素混合物上被执行与这项活动发现结构的关系并且预言这项活动。有重要关联和最好的预兆的力量的模型(R 2= 0.965, Q 2 厕所 = 0.599, R 2 pred = 0.825 ) 被完成。COMSIA 和停靠结果在有约束力的衣袋里为雌激素活动和关键氨基酸残余揭示了结构的特征,并且提供了卓见进在 ligands 和这些氨基酸残余之间的相互作用。

英文摘要:

Estrogen compounds are suspected of disrupting endocrine functions by mimicking natural hormones, and such compounds may pose a serious threat to the health of humans and wildlife. Close attention has been paid to the prediction and molecular mechanisms of estrogen activity for estrogen com- pounds. In this article, estrogen receptor a subtype (ERa) -based comparative molecular similarity indices analysis (COMSIA) was performed on 44 estrogen compounds with structural diversity to find out the structural relationship with the activity and to predict the activity. The model with the significant correlation and the best predictive power (R^2= 0.965, Q^2 LOO: 0.599, R^2 pred : 0.825) was achieved. The COMSIA and docking results revealed the structural features for estrogen activity and key amino acid residues in binding pocket, and provided an insight into the interaction between the ligands and these amino acid residues.

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期刊信息
  • 《有机化学》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:
  • 主办单位:中国化学会 中国科学院上海有机化学研究所
  • 主编:陈庆云
  • 地址:上海市枫林路354号
  • 邮编:200032
  • 邮箱:bianji@mail.sioc.ac.cn
  • 电话:021-54925244
  • 国际标准刊号:ISSN:0253-2786
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1321/O6
  • 邮发代号:4-285
  • 获奖情况:
  • 中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国科学引文索引(扩展库),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:14408