采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术和核糖体RNA基因(rDNA)转录间隔区(ITS)序列分析对22种拟茎点霉共34个菌株进行了系统发育研究,RAPD分析构建的UPGMA聚类图所反映的种间,种内关系与形态学分类结果基本一致。可以清楚地将分自7科寄主植物上的不同的种分别区分开来,但分自同科或同属寄主植物上的不同的种并不具有相近的亲缘关系,ITS序列分析结果不支持将Phomopsis mangiferae Ahmad和P.cytosporella Penz.et Sacc.合并为同一个种的观点,同时还.mangiferae与P.sidii de Camara的亲缘关系非常近,可能是异名同物;而为害木棉叶的拟茎点霉与杨梅枝枯病菌,P.myricaeY.J.Huang et P.K.Chi之间的碱基差异亦属于种下不同菌株间的正常差别范围,很可能就是同一个种,对相同的供试菌株两技术所反映的亲缘关系趋势相同,表明两技术用于拟茎点霉的亲缘关系分析和种类鉴定均是可行的。